The partial sequence of RNA 1 of the ophiovirus ranunculus white mottle virus indicates its relationship to rhabdoviruses and provides candidate primers for an ophiovirus-specific RT-PCR test. (Articolo in rivista)

Type

• Articolo in rivista (Classe)
• Prodotto della ricerca (Classe)

Label

• The partial sequence of RNA 1 of the ophiovirus ranunculus white mottle virus indicates its relationship to rhabdoviruses and provides candidate primers for an ophiovirus-specific RT-PCR test. (Articolo in rivista) (literal)

Anno

• 2003-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#doi

• 10.1007/s00705-003-0016-x (literal)

Alternative label

• Vaira A.M. 1, Accotto G.P. 2, Costantini A. 3, Milne R.G. 4. (2003)
  The partial sequence of RNA 1 of the ophiovirus ranunculus white mottle virus indicates its relationship to rhabdoviruses and provides candidate primers for an ophiovirus-specific RT-PCR test.
  in Archives of virology; Springer, New York (Stati Uniti d'America)
  (literal)

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• Vaira A.M. 1, Accotto G.P. 2, Costantini A. 3, Milne R.G. 4. (literal)

Pagina inizio

• 1037 (literal)

Pagina fine

• 1050 (literal)

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• Gli Ophiovirus sono un genere di virus vegetali assai poco noti, e scoperti solo di recente. Questo lavoro pone le basi per una riclassificazione del genere, sulla base della sequenza della RNA polimerasi RNA-dipendente. Inoltre, presenta per la prima volta un metodo per rilevare la presenza di ofiovirus in piante, dimostrandone l'efficacia su tutti i virus noti appartenenti a questo genere, e quindi permettendo di ricercarne anche in altre specie. (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume

• 148 (literal)

Rivista

• Archives of virology (Rivista)

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• 14 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroFascicolo

• 6 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#descrizioneSinteticaDelProdotto

• La sequenza parziale dell'RNA 1 di RWMV rende possibile da un lato l'acquisizione per la prima volta di informazioni riguardanti la posizione tassonomica del genere Ophiovirus e dall'altra, l'ideazione di due primers Ophiovirus-specifici da utilizzarsi in RT-PCR, in grado di rilevare tutte le specie virali appartenenti a questo genere fino ad ora conosciute, e potenti strumenti per l'identificazione di nuove specie. (literal)

Note

• ISI Web of Science (WOS) (literal)

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• 1, 2: Istituto di Virologia Vegetale,CNR, Torino, Italy 3: tesista presso l'Istituto (literal)

Titolo

• The partial sequence of RNA 1 of the ophiovirus ranunculus white mottle virus indicates its relationship to rhabdoviruses and provides candidate primers for an ophiovirus-specific RT-PCR test. (literal)

Abstract

• A 4019 nucleotide sequence was obtained for RNA 1 of Ranunculus white mottle virus (RWMV), genus Ophiovirus, representing an incomplete ORF of 1339 aa. Amino acid sequence analysis revealed significant similarities with RNA polymerases of Rhabdoviridae and a conserved domain of 685 aa, corresponding to the RdRp domain of the Mononegavirales. Phylogenetic analysis indicated that the genus Ophiovirus is not related to the genus Tenuivirus or the family Bunyaviridae, with which it has been linked, and probably deserves a special taxonomic position, within a new family. A pair of degenerate primers was designed from a consensus sequence obtained from a relatively conserved region in the RNA 1 of two members of the genus, Citrus psorosis virus (CPsV) and RWMV. The primers, used in RT-PCR experiments, amplified a 136bp DNA fragment from all the three recognized members of the genus, i.e. CPsV, RWMV and Tulip mild mottle mosaic virus (TMMMV) and from two tentative ophioviruses from lettuce and freesia. Amplicons obtained were sequenced and compared with the corresponding sequences of CPsV and RWMV and phylogenetic relationships were evaluated. Genus-specificity was confirmed using extracts from plants infected by viruses belonging to the genera Tospovirus, Tenuivirus, Rhabdovirus and Varicosavirus. (literal)

Editore

• Springer (Editore)

Autore CNR

• ANNA MARIA VAIRA (Unità di personale interno)
• GIAN PAOLO ACCOTTO (Unità di personale interno)
• Robert Geoffrey Milne (Unità di personale esterno)

Insieme di parole chiave

• Keywords of "The partial sequence of RNA 1 of the ophiovirus ranunculus white mottle virus indicates its relationship to rhabdoviruses and provides candidate primers for an ophiovirus-specific RT-PCR test." (Insieme di parole chiave)

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• ANNA MARIA VAIRA (Unità di personale interno)
• Robert Geoffrey Milne (Unità di personale esterno)

Editore di

• Springer (Editore)

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• Archives of virology (Rivista)

Insieme di parole chiave di

• Keywords of "The partial sequence of RNA 1 of the ophiovirus ranunculus white mottle virus indicates its relationship to rhabdoviruses and provides candidate primers for an ophiovirus-specific RT-PCR test." (Insieme di parole chiave)