MitoDrome: a content manager system to manage and retrieve data on nuclear encoded mitochondrial proteins of D. melanogaster, D. pseudoobscura and A. gambiae (Articolo in rivista)

Type
Label
  • MitoDrome: a content manager system to manage and retrieve data on nuclear encoded mitochondrial proteins of D. melanogaster, D. pseudoobscura and A. gambiae (Articolo in rivista) (literal)
Anno
  • 2004-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
Alternative label
  • D. D'Elia, A. Turi, D. Catalano, F. Licciulli, G. Tripoli, D. Porcelli, C. Saccone, C. Caggese (2004)
    MitoDrome: a content manager system to manage and retrieve data on nuclear encoded mitochondrial proteins of D. melanogaster, D. pseudoobscura and A. gambiae
    (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori
  • D. D'Elia, A. Turi, D. Catalano, F. Licciulli, G. Tripoli, D. Porcelli, C. Saccone, C. Caggese (literal)
Pagina inizio
  • 170 (literal)
Pagina fine
  • 170 (literal)
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  • La banca dati è disponibile al seguente indirizzo web: http://www2.ba.itb.cnr.it/MitoDrome/. L’interfaccia web permette all’utente una facile consultazione del contenuto della banca dati, sia attraverso query precompilate che attraverso una “query page” che consente all’utente di cercare i dati in relazione a specifici criteri di ricerca anche differentemente combinati tra loro. Un “sequence export” manager consente l’estrazione delle sequenze di geni, trascritti, proteine e delle relative sottosequenze (esoni, introni, regioni a monte e a valle dei geni e regioni UTR dei trascritti) che soddisfano i criteri di ricerca utilizzati durante la fase di query. E’ stato inoltre sviluppato anche un sistema “web-based” di sottomissione e revisione dei dati accessibile solo agli utenti abilitati attraverso un sistema di accesso controllato da nome utente e password. Al momento MitoDrome contiene 279 entries che includono tutti i geni della fosforilazione ossidativa annotati nei tre organismi D. melanogaster, D. pseudoobscura e A. gambie. e 77 clusters di geni omologhi. La completezza e l’accuratezza delle annotazioni in essa contenute la rendono uno strumento di incredibile valore scientifico per studi di genomica e proteomica comparata finalizzati allo studio della biogenesi mitocondriale e del loro funzionamento nell’ambito di una corretta fisiologia cellulare. (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume
  • 53 (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#descrizioneSinteticaDelProdotto
  • MitoDrome è una banca dati che è nata come collezione di geni nucleari codificanti per proteine a localizzazione mitocondriale di D. melanogaster, la cui annotazione deriva dall’analisi comparativa con le corrispondenti proteine umane. Lo stesso tipo di analisi comparativa è stata estesa ad altre due specie di insetti, D. pseudoobscura ed A. gambiae. Questo ha permesso l’identificazione e la caratterizzare in ciascuno di questi organismi di 78 geni nucleari ortologhi dei geni OXPHOS di D. melanogaster e un totale di 47 duplicati probabilmente originati da eventi di duplicazione e retrotrasposizione. Per gestire questi dati abbiamo sviluppato una nuova versione della banca dati utilizzando un modello del tipo entità-relazione che è stato implementato nel sistema di gestione MySQL. La nuova versione della banca dati colleziona e integra i dati dei singoli geni e dei relativi prodotti (mRNA e proteine) con i dati derivanti dall’analisi comparativa che comprovano le relazioni di ortologia e paralogia stabiliti in base all’analisi della conservazione delle sequenze di proteine e dei CDS, della struttura esone/introne dei geni e delle loro relazioni filogenetiche nelle tre specie di insetti studiati. (literal)
Note
  • ISI Web of Science (WOS) (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni
  • Institute of Biomedical Technologies – Section of Bari, CNR, Via Amendola 122/D, 70126 Bari – Italy Department of Genetic and Pathological Anatomy, University of Bari, Via Orabona, 4, 70126 Bari – Italy Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Bari, Via Orabona 4, 70126 Bari - Italy (literal)
Titolo
  • MitoDrome: a content manager system to manage and retrieve data on nuclear encoded mitochondrial proteins of D. melanogaster, D. pseudoobscura and A. gambiae (literal)
Abstract
  • INTRODUCTION: Mitochondria are sub-cellular organelles whose activity is crucial for the energetic metabolism of most eukaryotic organisms. Indeed, free fatty acid metabolism, Krebs cycle reactions and oxidative phosphorylation (OXPHOS) take place at mitochondrial level and enzymes devoted to these biochemical pathways are differently distributed into the mitochondrial membranes and matrix compartment. Respiratory chain enzymes are organized into five large complexes (I-V) spanning the inner mitochondrial membrane. The majority of these proteins are nuclear encoded, synthesized in the cytosol and then targeted to mitochondria. The availability of the complete genome sequences of D. melanogaster, D. pseudoobscura and A. gambiae has allowed us to identify and characterize the nuclear OXPHOS genes of these three dipteran species using a comparative analysis approach starting from the “putative” human homologous proteins. To manage these data we have developed MitoDrome (1), a Content Manager System (CMS) based on a database and a Web interface containing: a submission tool accessible only to authors of database content and a public query and retrieval system tailored to the extraction of sequence data in a format suitable to perform analyses on protein and gene sequence regions (i.e. promoter region, 5’-3’ UTRs, introns, exons, etc.). MATERIALS AND METHODS: The database has been conceptually structured in a relational schema and implemented in the Database Management System MySQL. The Web interface has been developed in PHP and BioPerl running on an Apache HTTP Server. The database data content is manually submitted from a private section of the Web Interface. Each database entry consists of a nuclear gene encoding for a mitochondrial protein in a given species and reports information regarding: species name, gene name, functional product, putative sub-mitochondrial localization, Enzyme Classification (EC) code for enzyme, Gene Ontology (GO) classification, gene map and sequence of gene, gene transcript and protein. Links to other databases such as FlyBase (2), SwissProt (3), Ensembl (4) and GeneCards (5) are also provided. The query system of MitoDrome allows user to extract information on entry/cluster through a wizard interface and to save, locally, in different file format multiple/single entries features (ie: gene, exon, intron, transcript, UTRs, protein, ect.). RESULTS: D. melanogaster data are derived from the comparison between human mitochondrial proteins, available in SWISSPROT, and the D. melanogaster genome, ESTs and cDNA sequence data available in the FlyBase database. D. melanogaster genes sharing significant similarity with human mitochondrial proteins were classified as putative D. melanogaster mitochondrial genes and annotated in the database. The same analysis has been extended to D. pseudoobscura and A. gambiae using protein sequences of D. melanogaster as probe sequence. To date, the database contains, for each of the three Dipteran, 78 annotated nuclear genes, encoding mitochondrial proteins which are the putative counterparts of proteins of the human OXPHOS system. The gene annotation has been done by taking into account conservation in amino acid sequence, intron/exon structure, intron length, and presence of duplications in the genome. We have also identified 46 genes sharing significant sequence similarity with some of the genes annotated in the database. These 46 genes probably represent paralogs originated by events of transposition or recombination taking place during the evolution of the three species. However, no pairwise orthology could be assigned among Drosophila and Anopheles duplicated genes, indicating either rapid evolution or loss of paralogs. Putative orthologous and paralogous genes have been grouped in Cluster and for each gene comparative data analyses (gene structure and protein sequences comparison) are reported in the MitoDrome Cluster table. The database also contains a list of mutant insertion alleles of D. melanogaster genes which has mostly been compiled using information available from FlyBase and from the BDGP (Berkeley Drosophila Genome Project) P-Element Gene Disruption Project (6). MitoDrome can be queried and retrieved at the following address: http://www.ba.itb.cnr.it/MitoDrome/. 1. Sardiello M. et al. (2003) Nucleic Acids Res. 31,322-4 2. FlyBase Consortium (2003) Nucleic Acids Res. 31, 172-5 3. Bairoch, A. et al. (2000) Nucleic Acids Res 28, 45-48 4. Birney E. et al. (2004) Nucleic Acids Res. 32, 468-70 5. Safran M. et al. (2002) Bioinformatics 18,1542-3 6. Spradling A.C. et al. (1999) Genetics 153, 135-77 (literal)
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