Use of fluorescent amplified fragment length polymorphism (fAFLP) to identify specific molecular markers for the biocontrol agent Aureobasidium pullulans strain LS30. (Articolo in rivista)

Type

• Prodotto della ricerca (Classe)
• Articolo in rivista (Classe)

Label

• Use of fluorescent amplified fragment length polymorphism (fAFLP) to identify specific molecular markers for the biocontrol agent Aureobasidium pullulans strain LS30. (Articolo in rivista) (literal)

Anno

• 2004-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

Alternative label

• De Curtis F. 1; Caputo L. 2; Castoria R. 1; Lima G. 2; Stea G. 1; De Cicco V. 1 (2004)
  Use of fluorescent amplified fragment length polymorphism (fAFLP) to identify specific molecular markers for the biocontrol agent Aureobasidium pullulans strain LS30.
  in Postharvest biology and technology (Print)
  (literal)

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• De Curtis F. 1; Caputo L. 2; Castoria R. 1; Lima G. 2; Stea G. 1; De Cicco V. 1 (literal)

Pagina inizio

• 179 (literal)

Pagina fine

• 186 (literal)

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• L'applicazione dell'AFLP con marker fluorescenti ha permesso di identificare marker molecolari ceppo-specifici dell’agente di biocontrollo LS30 di A. pullulans. In particolare, su 48 biotipi di A. pullulans sono stati rilevati tre frammenti specifici per il ceppo LS30 che potrebbero essere utilizzati per sviluppare sonde o primer per facilitare l’identificazione e tipizzazione di questo agente di lotta biologica. (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume

• 34 (literal)

Rivista

• Postharvest biology and technology (Rivista)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#pagineTotali

• 8 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#descrizioneSinteticaDelProdotto

• In questo lavoro, 48 biotipi epifiti del fungo-lievitiforme Aureobasidium pullulans sono stati caratterizzati mediante la tecnica molecolare AFLP (amplified fragment length polymorphism) utilizzando, per la prima volta, primer marcati fluorescenti. Le miscele fAFLP di ciascun ceppo sono state inoltre analizzate mediante il sistema ABI PRISM 310 Genetic Analyzer. L’uso di 4 set di primer per MseI e di primer marcati per EcoRI ha permesso di produrre profili di frammenti AFLP altamente riproducibili. Tra più di 5000 frammenti ottenuti, la coppia G/CT ha generato il maggior numero di frammenti. Al contrario soltanto la coppia AC/CA ha prodotto tre frammenti di DNA che sono specifici per il ceppo LS30 utilizzato come agente di biocontrollo per patogeni fungini vegetali. (literal)

Note

• ISI Web of Science (WOS) (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni

• 1: Dipartimento di Scienze Animali, Vegetali e dell'Ambiente Università degli Studi del Molise; 2: Istituto di Scienze delle Produzioni Alimentari - CNR Bari. (literal)

Titolo

• Use of fluorescent amplified fragment length polymorphism (fAFLP) to identify specific molecular markers for the biocontrol agent Aureobasidium pullulans strain LS30. (literal)

Abstract

• Molecular fingerprinting of biocontrol agents is pivotal both for environmental monitoring and registration purposes. Fluorescent amplified fragment length polymorphism (fAFLP) analysis was utilised for the first time to investigate the intraspecific variability of the yeast-like fungus Aureobasidium pullulans, in order to identify specific molecular markers for its strain LS30, an effective biocontrol agent against major postharvest pathogens on different crops, and to pave the way to the development of molecular-based tools for unequivocal tracking of this agent after its release in the environment. Forty-eight isolates of A. pullulans from phyllosphere and carposphere of several crops from different sites of Southern Italy and Greece were analyzed by using four couples of primers. A pairwise comparison of fAFLP patterns was performed, for each primer pair, by using Dice similarity coefficient (SD). Four matrices were generated and, subsequently, averaged and combined for constructing a single dendrogram, in which clustering of fingerprints was performed with the unweighted pair groups (UPGMA). In the combined dendrogram, most of the isolates grouped into three main fAFLP clusters with levels of similarity ranging from 0.18 to 0.35. Only two isolates (AU73 and AU91) were very similar in all fAFLP patterns. Only primers AC/CA yielded three DNA sized fragments that appeared to be specific for LS30. (literal)

Prodotto di

• Istituto di scienze delle produzioni alimentari (ISPA) (Istituto)
• Microbiologia e qualità delle produzioni alimentari (AG.P05.016.001) (Modulo)

Autore CNR

• LEONARDO CAPUTO (Persona)
• GAETANO STEA (Unità di personale interno)

Insieme di parole chiave

• Keywords of "Use of fluorescent amplified fragment length polymorphism (fAFLP) to identify specific molecular markers for the biocontrol agent Aureobasidium pullulans strain LS30." (Insieme di parole chiave)

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Prodotto

• Istituto di scienze delle produzioni alimentari (ISPA) (Istituto)
• Microbiologia e qualità delle produzioni alimentari (AG.P05.016.001) (Modulo)

Autore CNR di

• LEONARDO CAPUTO (Persona)
• GAETANO STEA (Unità di personale interno)

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• Postharvest biology and technology (Rivista)

Insieme di parole chiave di

• Keywords of "Use of fluorescent amplified fragment length polymorphism (fAFLP) to identify specific molecular markers for the biocontrol agent Aureobasidium pullulans strain LS30." (Insieme di parole chiave)