Analysis of oligonucleotide AUG start codon context in eukariotic mRNAs (Articolo in rivista)

Type

• Prodotto della ricerca (Classe)
• Articolo in rivista (Classe)

Label

• Analysis of oligonucleotide AUG start codon context in eukariotic mRNAs (Articolo in rivista) (literal)

Anno

• 2000-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#doi

• 10.1016/S0378-1119(00)00471-6 (literal)

Alternative label

• Pesole, G.; Gissi, C.; Grillo, G.; Licciulli, F.; Liuni, S; Saccone, C (2000)
  Analysis of oligonucleotide AUG start codon context in eukariotic mRNAs
  in Gene (Amst.)
  (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori

• Pesole, G.; Gissi, C.; Grillo, G.; Licciulli, F.; Liuni, S; Saccone, C (literal)

Pagina inizio

• 85 (literal)

Pagina fine

• 91 (literal)

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• 261 (literal)

Rivista

• Gene (Rivista)

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• 1 (literal)

Note

• ISI Web of Science (WOS) (literal)
• SCImago (literal)

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• Università di Milano Istituto Tecnologie Biomediche,CNR-Sezione di Bari (literal)

Titolo

• Analysis of oligonucleotide AUG start codon context in eukariotic mRNAs (literal)

Abstract

• The AUG start codon context features have been investigated by analyzing eukaryotic mRNAs belonging to various taxonomic groups. The functional relevance of each specific position surrounding the AUG start codon has been established as a function of the measured shift between base composition observed at that particular position, and base composition averaged over all the 5'untranslated regions. A more detailed analysis carried out on human genes belonging to different isochores showed significant isochore-specific features that cannot be explained only by a mutational bias effect. The most represented heptamers spanning from position -3 to +4 with respect to the initiator AUG have been determined for mRNAs belonging to different taxonomic groups and a web page utility has been set up (http://bigarea.area.ba.cnr.it: 8000/BioWWW/ATG.html) to determine the relative abundance of a user submitted oligonucleotide context in a given species or taxon. (literal)

Prodotto di

• Bioinformatica per la Genomica Funzionale e Comparata (SV.P18.004.001) (Modulo)

Autore CNR

• SABINO LIUNI (Persona)
• VITO FLAVIO LICCIULLI (Unità di personale interno)
• GIORGIO GRILLO (Unità di personale interno)

Incoming links:

Autore CNR di

• VITO FLAVIO LICCIULLI (Unità di personale interno)
• GIORGIO GRILLO (Unità di personale interno)
• SABINO LIUNI (Persona)

Prodotto

• Bioinformatica per la Genomica Funzionale e Comparata (SV.P18.004.001) (Modulo)

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• Gene (Rivista)