CUDA Accelerated Blobby Molecular Surface Generation (Contributo in atti di convegno)

Type

• Contributo in atti di convegno (Classe)
• Prodotto della ricerca (Classe)

Label

• CUDA Accelerated Blobby Molecular Surface Generation (Contributo in atti di convegno) (literal)

Anno

• 2012-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#doi

• 10.1007/978-3-642-31464-3_35 (literal)

Alternative label

• Daniele D'Agostino; Sergio Decherchi; Antonella Galizia; Josè Colmenares; Alfonso Quarati; Walter Rocchia; Andrea Clematis (2012)
  CUDA Accelerated Blobby Molecular Surface Generation
  in 9th International Conference on Parallel Processing and Applied Mathematics, PPAM 2011, Torun, Poland, 11-14 September 2011
  (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori

• Daniele D'Agostino; Sergio Decherchi; Antonella Galizia; Josè Colmenares; Alfonso Quarati; Walter Rocchia; Andrea Clematis (literal)

Pagina inizio

• 347 (literal)

Pagina fine

• 356 (literal)

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• http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-642-31464-3_35 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#titoloVolume

• PPAM 2011, Part I (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#volumeInCollana

• 7203 (literal)

Note

• Google Scholar (literal)
• Scopus (literal)

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• Institute for Applied Mathematics and Information Technologies, National Research Council of Italy, Genoa, Italy Department of Drug Discovery and Development, Italian Institute of Technology Genoa, Italy (literal)

Titolo

• CUDA Accelerated Blobby Molecular Surface Generation (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#curatoriVolume

• R. Wyrzykowski et al. (literal)

Abstract

• A proper and efficient representation of molecular surfaces is an important issue in biophysics from several view points. Molecular surfaces indeed are used for different aims, in particular for visualization, as support tools for biologists, computation, in electrostatics problems involving implicit solvents (e.g. while solving the Poisson-Boltzmann equation) or for molecular dynamics simulations. This problem has been recognized in the literature, resulting in a multitude of algorithms that differ on the basis of the adopted representation and the approach/ technology used. Among several molecular surface definitions, the Blobby surface is particularly appealing from the computational and the graphics point of view. In the paper we describe an efficient software component able to produce high-resolution Blobby surfaces for very large molecules using the CUDA architecture. Experimental results show a speedup of 35.4 considering a molecule of 90,898 atoms and a resulting mesh of 168 million triangles. (literal)

Editore

• Springer-Verlag (Editore)

Prodotto di

• Metodologie, algoritmi ed applicazioni per Grid di collaborazione (ICT.P09.004.002) (Modulo)
• Istituto di matematica applicata e tecnologie informatiche \"Enrico Magenes\" (IMATI) (Istituto)

Autore CNR

• ALFONSO QUARATI (Persona)
• ANTONELLA GALIZIA (Unità di personale interno)
• DANIELE D'AGOSTINO (Persona)
• ANDREA CLEMATIS (Persona)

Insieme di parole chiave

• Parole chiave di "CUDA Accelerated Blobby Molecular Surface Generation" (Insieme di parole chiave)

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Autore CNR di

• ANDREA CLEMATIS (Persona)
• ALFONSO QUARATI (Persona)
• DANIELE D'AGOSTINO (Persona)
• ANTONELLA GALIZIA (Unità di personale interno)

Prodotto

• Istituto di matematica applicata e tecnologie informatiche \"Enrico Magenes\" (IMATI) (Istituto)
• Metodologie, algoritmi ed applicazioni per Grid di collaborazione (ICT.P09.004.002) (Modulo)

Editore di

• Springer-Verlag (Editore)

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