ESTuber db: an online database for Tuber borchii EST sequences (Articolo in rivista)

Type
Label
  • ESTuber db: an online database for Tuber borchii EST sequences (Articolo in rivista) (literal)
Anno
  • 2007-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#doi
  • 10.1186/1471-2105-8-S1-S13 (literal)
Alternative label
  • Lazzari, Barbara; Caprera, Andrea; Cosentino, Cristian; Stella, Alessandra; Milanesi, Luciano; Viotti, Angelo (2007)
    ESTuber db: an online database for Tuber borchii EST sequences
    in BMC bioinformatics
    (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori
  • Lazzari, Barbara; Caprera, Andrea; Cosentino, Cristian; Stella, Alessandra; Milanesi, Luciano; Viotti, Angelo (literal)
Pagina inizio
  • 1 (literal)
Pagina fine
  • 9 (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#altreInformazioni
  • La banca dati di EST di Tuber borchii è il primo prodotto informatico, con accesso pubblico tramite interfaccia web, di un fungo ipogeo. Le informazioni contenute costituiscono un importante punto di partenza per l’esplorazione e l’analisi delle informazioni genetiche tra funghi e piante ospiti derivate dalla simbiosi micorrizica. (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume
  • 8 (literal)
Rivista
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#note
  • vol n. 8 (Suppl 1):S13; La rivista su cui l'articolo è stato pubblicato è una delle più importanti nel settore della bioinformatica e ha fattore d'impatto di 4,90. (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#pagineTotali
  • 9 (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#descrizioneSinteticaDelProdotto
  • Pubblicazione scientifica riguardante la costituzione di una banca dati di sequenze espresse nel fungo ipogeo Tuber borchii (Tb). Le sequenze sono state derivate da una banca di cDNA da ife di Tb costituita presso l’IBBA, sequenziate secondo la metodologia Sanger, ed integrate con altre sequenze di Tb presenti presso l’NCBI. La banca dati è interrogabile al sito (http://www.itb.cnr.it/estuber) ed è strutturata per una facile e pronta interrogazione dei dati suddivisi in sottoinsiemi riportati nella home page. (literal)
Note
  • ISI Web of Science (WOS) (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni
  • Ist Biol & BIotecnol Agr; CISI; Parco Tecnol Padano; Ist Tecnol Biomed; Darmstadt University of Technology (literal)
Titolo
  • ESTuber db: an online database for Tuber borchii EST sequences (literal)
Abstract
  • Background: The ESTuber database (http://www.itb.cnr.it/estuber) includes 3,271 Tuber borchii expressed sequence tags ( EST). The dataset consists of 2,389 sequences from an in-house prepared cDNA library from truffle vegetative hyphae, and 882 sequences downloaded from GenBank and representing four libraries from white truffle mycelia and ascocarps at different developmental stages. An automated pipeline was prepared to process EST sequences using public software integrated by in-house developed Perl scripts. Data were collected in a MySQL database, which can be queried via a php-based web interface. (literal)
  • Results: Sequences included in the ESTuber db were clustered and annotated against three databases: the GenBank nr database, the UniProtKB database and a third in-house prepared database of fungi genomic sequences. An algorithm was implemented to infer statistical classification among Gene Ontology categories from the ontology occurrences deduced from the annotation procedure against the UniProtKB database. Ontologies were also deduced from the annotation of more than 130,000 EST sequences from five filamentous fungi, for intra-species comparison purposes. (literal)
Prodotto di
Autore CNR
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