New Labelling Technology for Molecular Probes Applied to the Ligation Detection Reaction-Universal Array System (Articolo in rivista)

Type

• Articolo in rivista (Classe)
• Prodotto della ricerca (Classe)

Label

• New Labelling Technology for Molecular Probes Applied to the Ligation Detection Reaction-Universal Array System (Articolo in rivista) (literal)

Anno

• 2011-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

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• 10.1007/s12033-010-9305-2 (literal)

Alternative label

• Andrea Lauri; Stefania Chessa; Marta Raschetti; Bianca Castiglioni; Paola Mariani; Alexandre Rodrigues Caetano (2011)
  New Labelling Technology for Molecular Probes Applied to the Ligation Detection Reaction-Universal Array System
  in Molecular biotechnology; Humana Press Inc., Totowa (Stati Uniti d'America)
  (literal)

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• Andrea Lauri; Stefania Chessa; Marta Raschetti; Bianca Castiglioni; Paola Mariani; Alexandre Rodrigues Caetano (literal)

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• 1 (literal)

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• 8 (literal)

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• 47 (literal)

Rivista

• Molecular biotechnology (Rivista)

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• DOI: 10.1007/s12033-010-9305-2 L’Impact Factor di questa rivista è 2.444. (literal)

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• 8 (literal)

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• 1 (literal)

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• Quando viene utilizzata per la genotipizzazione, la tecnologia microarray LDR-UA utilizza due sonde discriminanti, ognuna specifica per un allele, marcate con due fluorofori differenti. Successivamente i segnali di ibridazione fluorescenti sono acquisiti e processati per calcolare il genotipo a quel locus. Il decadimento irregolare dei fluorofori causato dall’invecchiamento delle sonde e dai cicli di congelamento/scongelamento delle stesse può portare ad un ineguale livello di fluorescenza e, di conseguenza, all’attribuzione errata del genotipo. Per superare questo problema, è stata sviluppata una strategia di marcatura indiretta basata sulla sostituzione del fluoroforo con una sequenza universale allele-specifica lunga 22 paia di basi chiamata ULS. La strategia adottata migliora l’uniformità della successiva marcatura della sonda, e genera risultati comparabili a quelli delle sonde con marcatura diretta, come dimostrato dalla genotipizzazione di 22 siti polimorfici effettuata con entrambe le strategie in 70 campioni di bovini di razza Frisona. Questo metodo può essere facilmente utilizzato in screening di routine effettuati sia con LDR-UA sia con altre tecniche. Inoltre, il metodo determina un significativa riduzione dei costi rispetto a quelli che utilizzano le tradizionali marcature dirette. (literal)

Note

• Scopus (literal)
• PubMe (literal)
• ISI Web of Science (WOS) (literal)
• Google Scholar (literal)

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• Andrea Lauri, Paola Mariani - Parco Tecnologico Padano, Lodi, Italy; Stefania Chessa, Marta Raschetti, Bianca Castiglioni - IBBA-CNR, Milan, Italy; Alexandre Rodrigues Caetano - Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Brasília DF, Brazil (literal)

Titolo

• New Labelling Technology for Molecular Probes Applied to the Ligation Detection Reaction-Universal Array System (literal)

Abstract

• The ligation detection reaction (LDR) associated with universal arrays (UA) uses a fluorescently labelled probe (DP) and a Zip Code-extended probe to detect single nucleotide polymorphisms in DNA target sequences. When used for genotyping, the LDR-UA technique uses two DPs, each specific to an allele and labelled with a different fluorophore. The fluorescent signals are processed to calculate the genotype. The uneven decay of fluorophores due to ageing and freezing/thawing cycles and the consequent unequal fluoresce level can lead to erroneous genotype calls. To circumvent this problem, an indirect labelling strategy was developed based on the substitution of the fluorophore with allele-specific 22 bp universal labelling sequences (ULS). Labelling is achieved with fluorescently labelled oligos complementary to the ULS (cULS). The strategy improved the uniformity in probe labelling, and generated results comparable to those using direct-labelled probes, as shown by genotyping 22 polymorphic sites in 70 samples with both strategies. This method can be easily implemented in the routine screening with LDR-UA or other techniques. Moreover, the approach results in a significant cost reduction over traditional direct labelling, and offers the possibility to interchange fluorophores and to increase the fluorescent signal by using multiple-labelled cULS. (literal)

Editore

• Humana Press Inc. (Editore)

Prodotto di

• Conservazione delle risorse genetiche animali e valorizzazione delle loro produzioni (AG.P01.020.001) (Modulo)
• Institute of agricultural biology and biotechnology (IBBA) (Istituto)

Autore CNR

• Marta Raschetti (Unità di personale esterno)
• BIANCA MARIA ELISABETTA CASTIGLIONI (Unità di personale interno)
• STEFANIA CHESSA (Persona)

Insieme di parole chiave

• Parole chiave di "New Labelling Technology for Molecular Probes Applied to the Ligation Detection Reaction-Universal Array System" (Insieme di parole chiave)

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Prodotto

• Institute of agricultural biology and biotechnology (IBBA) (Istituto)
• Conservazione delle risorse genetiche animali e valorizzazione delle loro produzioni (AG.P01.020.001) (Modulo)

Autore CNR di

• BIANCA MARIA ELISABETTA CASTIGLIONI (Unità di personale interno)
• Marta Raschetti (Unità di personale esterno)
• STEFANIA CHESSA (Persona)

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• Molecular biotechnology (Rivista)

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• Humana Press Inc. (Editore)

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