Ottimizzazione e modellistica matematica in biologia (INT.P02.003.001)
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- Modulo (Classe)
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- Ottimizzazione e modellistica matematica in biologia (INT.P02.003.001) (literal)
- Prodotto
- A study on observer-based algorithms to infer information from gene expression data (Rapporti tecnici/preprint/working paper) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1730)
- Mathematical Programming Methods for DNA Barcode Analysis (Abstract/Poster in convegno) (Prodotto della ricerca)
- Global optimization of protein-peptide docking by a filling function method (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Modulated string searching (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- The Orderly Colored Longest Path Problem - a survey of applications and new algorithms (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Range LCP (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- A global optimization algorithm for protein surface alignment (Comunicazione a convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1303)
- Physarum Can Compute Shortest Paths (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Physarum Can Compute Shortest Paths (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Emerging Role of the Fat Free Mass Preservation during Weight Loss Therapy through a Novel Advanced Bio-Impedance Device (BIA-ACC) (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Proteins as Netwoks: Usefulness of Graph Theory in Protein Science (Contributo in volume (capitolo o saggio)) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1201)
- Physarum can compute shortest paths: A short proof (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Preferential nucleosome occupancy at high values of DNA helical rise (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- A memetic hybrid method for the Molecular Distance Geometry Problem with incomplete information (Contributo in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1301)
- Global Biodiversity Informatics Outlook: Delivering Biodiversity Knowledge in the Information Age (Altre pubblicazioni) (Prodotto della ricerca)
- Ultrametric networks: a new tool for phylogenetic analysis (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- On Conjugation Partitions of Sets of Trinucleotides (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Phylogeny Construction with Rigid Gapped Motifs (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Dodecagono regolare e frazione continua di $\sqrt 3$ (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Forty Years of Text Indexing (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- GIANT: A cytoscape plugin for modular networks (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Immunological network signatures of cancer progression and survival (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- A global optimization algorithm for protein surface alignment (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Integrated Network Analysis Identifies Fight-Club Nodes as a Class of Hubs Encompassing Key Putative Switch Genes That Induce Major Transcriptome Reprogramming during Grapevine Development (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- MALA: A Microarray clustering and classification software (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- The foundation of Evolutionary Petri Nets (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Shape Contexts for Protein Binding Site Recognition (Abstract/Poster in convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1304)
- Species Classification with Optimized Logic Formula (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- Supervised DNA Barcodes species classification: Analysis, comparisons and results (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- CollHaps: a heuristic approach to haplotype inference by parsimony (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- Feature Selection and Logic Classification to identify Thrombin-binding Compounds (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- A study on the structural properties and the solution of the Chemical Master Equation (Rapporti tecnici/preprint/working paper) (Prodotto della ricerca)
- cuTauLeaping: A GPU-Powered Tau-Leaping Stochastic Simulator for Massive Parallel Analyses of Biological Systems (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Logic formulas based knowledge discovery and its application to the classification of biological data (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- GPU-accelerated simulations of mass-action kinetics models with cupSODA (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Collhaps 2.0: a heuristic approach to haplotype inference by parsimony (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- A global optimization algorithm for protein structure alignment (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- Massive exploration of perturbed conditions of the blood coagulation cascade through GPU parallelization. (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Quasi-Steady-State Approximations of the Chemical Master Equation in Enzyme Kinetics - Application to the Double Phosphorylation/Dephosphorylation Cycle (Contributo in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1301)
- Learning to Classify Species with Barcodes (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- Modules Identification in Protein Structures: The Topological and Geometrical Solutions (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- MONSTER v1.0: a novel procedure to extract and search for RNA non-branching structures (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Solving haplotyping inference parsimony problem using a new basic polynomial formulation (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- Integrated analysis of DNA copy number and gene expression data in Lung Cancer models of resistance to targeted therapy (Abstract/Poster in convegno) (Prodotto della ricerca)
- Special Issue on Operations Research Models for Computational Biology, Bioinformatics and Medicine (Curatela) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1501)
- A new greedy randomized procedure for the feature selection problem (Abstract/Comunicazione in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- GELA: Gene Expression Logic Analyzer (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Cancer cell growth and survival as a system-level property sustained by enhanced glycolysis and mitochondrial metabolic remodeling. (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- On Conjugation Partitions of Sets of Trinucleotides (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- On some forbidden configurations for self-complementary trinucleotide circular codes (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Human Polyomaviruses genome analysis by logic mining techniques (Rapporti progetti di ricerca) (Prodotto della ricerca)
- Graph Compression by BFS (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- How to Draw a Clustered Tree (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Filtering with alignment free distances for high throughput DNA reads assembly (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- On 51 forbidden configurations for self-complementary circular codes (Rapporti progetti di ricerca) (Prodotto della ricerca)
- Species classification with logic formulas and barcode (Rapporti progetti di ricerca) (Prodotto della ricerca)
- Application of Feature Selection and Classification to Computational Molecular Biology (Contributo in volume (capitolo o saggio)) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1201)
- Classification of selectively constrained DNA elements using feature vectors and rule-based classifiers (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Gene expression biomarkers in the brain of a mouse model for Alzheimer's disease: mining of microarray data by logic classification and feature selection (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Networks and Circuits in Cell Regulation (Rapporti tecnici/preprint/working paper) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1730)
- A hierarchy for circular codes (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Solving haplotyping inference parsimony problem using a new basic polynomial formulation (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Identifying Correlations between Chromosomal Proximity of Genes and Distance of Their Products in Protein-Protein Interaction Networks of Yeast (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Timing Control in Regulatory Networks by Multisite Phosphorylation (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Parameterized Searching with Mismatches for Run-Length Encoded Strings (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- The state observer as a tool for the estimation of gene expression (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- A global optimization algorithm for protein surface alignment (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Learning to classify species with barcodes (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- On the integration of protein-protein interaction networks with gene expression and 3d structural data: what can be gained? (Rapporti tecnici/preprint/working paper) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1730)
- Timely HAART initiation may pave the way for a better viral control (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- BLOG 2.0: a software system for character-based species classification with DNA Barcode sequences. What it does, how to use it (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Solving l0-penalized problems with simple constraints via the Frank-Wolfe Reduced Dimension method (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Logic formulas based knowledge discovery and its application to the classification of biological data (Contributo in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1301)
- Fixed/free final time SIR epidemic models with multiple controls (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- CollHaps: A Heuristic Approach to Haplotype Inference by Parsimony (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Identification of regulatory network motifs from gene expression data (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Clustering and classification techniques for gene expression profiles through pattern analysis. (Contributo in volume (capitolo o saggio)) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1201)
- Multi-scale Simulation of T Helper Lymphocyte Differentiation (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- On the functional and structural characterization of hubs in protein-protein interaction networks (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- A classification of 20-trinucleotide circular codes (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- DODECAGONO REGOLARE E FRAZIONE CONTINUA di $\sqrt 3$ (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- A Statechart based representation for SBML descriptions (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Proteins as Sponges: A Statistical Journey along Protein Structure Organization Principles (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Proteins Contact Networks: an emerging paradigm in chemistry (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- A classification of 20-trinucleotide circular codes (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Stochastic modeling of expression kinetics identifies messenger half-lives and reveals sequential waves of co-ordinated transcription and decay (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Overexpression of Far1, a cyclin-dependent kinase inhibitor, induces a large transcriptional reprogramming in which RNA synthesis senses Far1 in a Sfp1-mediated way (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Shedding light on protein-ligand binding by graph theory: The topological nature of allostery (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Physarum Can Compute Shortest Paths: Convergence Proofs and Complexity Bounds (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Characterizing protein shape by a volume distribution asymmetry index (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Structural and functional analysis of hemoglobin and serum albumin through Protein Long-range Interaction Networks (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- AlignNemo: A Local Network Alignment Method to Integrate Homology and Topology. (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- On the functional and structural characterization of hubs in protein-protein interaction networks (Rapporti tecnici/preprint/working paper) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1730)
- On some forbidden configurations for self-complementary trinucleotide circular codes (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- Structural Analysis of Long Non-coding RNAs (Rapporti tecnici/preprint/working paper) (Prodotto della ricerca)
- A first-order method for l0-penalized problems with simple constraints (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Logic Classification and Feature Selection from Gene Expression Profile in the Brain of the AD11 ANTI-NGF Mice Model of Alzheimer's Disease at Different Stages of Neurodegeneration (Rapporti progetti di ricerca) (Prodotto della ricerca)
- Application of feature selection and classification to computational molecular biology (Rapporti progetti di ricerca) (Prodotto della ricerca)
- A new procedure to analyze RNA non-branching structures (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Continuous global optimization for protein structure analysis (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Alzheimer's disease patients classification through EEG signals processing (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- cupSODA: A CUDA-Powered Simulator of Mass-Action Kinetics (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Networks and circuits in cell regulation (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Computational strategies for a system-level understanding of metabolism (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Solving haplotyping inference parsimony problem using a new basic polynomial formulation (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- CollHaps: Haplotype Inference by Collapse Rules (Abstract/Poster in convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1304)
- Barcode analysis with optimized logic formulas (Comunicazione a convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1303)
- Computational analysis identifies a sponge interaction network between long non-coding RNAs and messenger RNAs in human breast cancer (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Logic Based Methods for SNPs Tagging and Reconstruction (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Mathematical Modelling of DNA Replication Reveals a Trade-off between Coherence of Origin Activation and Robustness against Rereplication (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- On the integration of protein-protein interaction networks with gene expression and 3D structural data: What can be gained? (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- An Integrated Approach (CLuster Analysis Integration Method) to Combine Expression Data and Protein-Protein Interaction Networks in Agrigenomics: Application on Arabidopsis thaliana (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Alignment free sequence similarity with bounded hamming distance (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Machine learning meets DNA barcoding (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- Comparing DNA reads from high throughput sequencing machines (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- Codice
- INT.P02.003.001 (literal)
- Anno di chiusura previsto
- 2016-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
- Istituto esecutore
- Primo anno di attività
- 2005-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
- Abstract
- La ricerca che viene svolta nel presente modulo coinvolge la Biologia Sistemica e Computazionale (Systems and Computational Biology), e consiste nella sintesi, analisi e verifica di modelli di fenomeni biologici a livello molecolare, a livello cellulare e di tessuti. Allo scopo di elaborare l'enorme massa di dati oggi disponibili in genomica, transcrittomica, proteomica e metabolomica, saranno utilizzate le metodologie della ricerca operativa (ottimizzazione, data-mining, teoria dei grafi, ...) e dell'analisi dei sistemi (equazioni differenziali ordinarie e stocastiche, Master Chemical Equations, processi di Markov, ...) per costruire, identificare e validare i modelli matematici destinati a fornire la giusta interpretazione dei fenomeni biologi investigati. In questo modo, da un lato sarà possibile elaborare modelli \"data-driven\", ossia suggeriti dall'interpretazione matematica dei dati; dall'altro lato sarà possibile suggerire ai biologi/biotecnologi esperimenti \"model-driven\", ossia volti alla validazione sperimentale di possibili risultati previsti dal modello matematico. (literal)
- Nome
- Ottimizzazione e modellistica matematica in biologia (literal)
- Descrizione
- Descrizione dello stato di avanzamento delle attività del modulo "Ottimizzazione e modellistica matematica in biologia (INT.P02.003.001)" (Descrizione stato avanzamento attività)
- Descrizione collaborazioni del modulo "Ottimizzazione e modellistica matematica in biologia (INT.P02.003.001)" (Descrizione collaborazioni)
- Descrizione del modulo "Ottimizzazione e modellistica matematica in biologia (INT.P02.003.001)" (Descrizione modulo)
- Modulo di
- Biologia Computazionale (INT.P02.003) (Commessa)
- Gestore
- PASQUALE PALUMBO (Unità di personale interno)
Incoming links:
- Gestore di
- PASQUALE PALUMBO (Unità di personale interno)
- Modulo
- Biologia Computazionale (INT.P02.003) (Commessa)
- Prodotto di
- A global optimization algorithm for protein surface alignment (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- A global optimization algorithm for protein surface alignment (Comunicazione a convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1303)
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- A hierarchy for circular codes (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
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- Mathematical Modelling of DNA Replication Reveals a Trade-off between Coherence of Origin Activation and Robustness against Rereplication (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- A global optimization algorithm for protein surface alignment (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- On Conjugation Partitions of Sets of Trinucleotides (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Dodecagono regolare e frazione continua di $\sqrt 3$ (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
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- Timely HAART initiation may pave the way for a better viral control (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
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- A Statechart based representation for SBML descriptions (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
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- Collhaps 2.0: a heuristic approach to haplotype inference by parsimony (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
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- Species classification with logic formulas and barcode (Rapporti progetti di ricerca) (Prodotto della ricerca)
- Human Polyomaviruses genome analysis by logic mining techniques (Rapporti progetti di ricerca) (Prodotto della ricerca)
- On 51 forbidden configurations for self-complementary circular codes (Rapporti progetti di ricerca) (Prodotto della ricerca)
- On Conjugation Partitions of Sets of Trinucleotides (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- Networks and Circuits in Cell Regulation (Rapporti tecnici/preprint/working paper) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1730)
- Immunological network signatures of cancer progression and survival (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Gene expression biomarkers in the brain of a mouse model for Alzheimer's disease: mining of microarray data by logic classification and feature selection (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Shedding light on protein-ligand binding by graph theory: The topological nature of allostery (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Proteins as Sponges: A Statistical Journey along Protein Structure Organization Principles (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Preferential nucleosome occupancy at high values of DNA helical rise (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Phylogeny Construction with Rigid Gapped Motifs (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- MALA: A Microarray clustering and classification software (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- A study on the structural properties and the solution of the Chemical Master Equation (Rapporti tecnici/preprint/working paper) (Prodotto della ricerca)
- On the functional and structural characterization of hubs in protein-protein interaction networks (Rapporti tecnici/preprint/working paper) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1730)
- AlignNemo: A Local Network Alignment Method to Integrate Homology and Topology. (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
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- Physarum Can Compute Shortest Paths (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
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- The state observer as a tool for the estimation of gene expression (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
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- Identifying Correlations between Chromosomal Proximity of Genes and Distance of Their Products in Protein-Protein Interaction Networks of Yeast (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Continuous global optimization for protein structure analysis (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- A first-order method for l0-penalized problems with simple constraints (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Global optimization of protein-peptide docking by a filling function method (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- A study on observer-based algorithms to infer information from gene expression data (Rapporti tecnici/preprint/working paper) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1730)
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- Characterizing protein shape by a volume distribution asymmetry index (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Structural and functional analysis of hemoglobin and serum albumin through Protein Long-range Interaction Networks (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Proteins Contact Networks: an emerging paradigm in chemistry (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Stochastic modeling of expression kinetics identifies messenger half-lives and reveals sequential waves of co-ordinated transcription and decay (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
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- Physarum Can Compute Shortest Paths: Convergence Proofs and Complexity Bounds (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Emerging Role of the Fat Free Mass Preservation during Weight Loss Therapy through a Novel Advanced Bio-Impedance Device (BIA-ACC) (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Proteins as Netwoks: Usefulness of Graph Theory in Protein Science (Contributo in volume (capitolo o saggio)) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1201)
- On the integration of protein-protein interaction networks with gene expression and 3d structural data: what can be gained? (Rapporti tecnici/preprint/working paper) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1730)
- Modulated string searching (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Physarum can compute shortest paths: A short proof (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Structural Analysis of Long Non-coding RNAs (Rapporti tecnici/preprint/working paper) (Prodotto della ricerca)
- Ultrametric networks: a new tool for phylogenetic analysis (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Global Biodiversity Informatics Outlook: Delivering Biodiversity Knowledge in the Information Age (Altre pubblicazioni) (Prodotto della ricerca)
- Solving l0-penalized problems with simple constraints via the Frank-Wolfe Reduced Dimension method (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Machine learning meets DNA barcoding (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- Comparing DNA reads from high throughput sequencing machines (Rapporti progetti di ricerca) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1714)
- The foundation of Evolutionary Petri Nets (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Forty Years of Text Indexing (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Supervised DNA Barcodes species classification: Analysis, comparisons and results (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- A new greedy randomized procedure for the feature selection problem (Abstract/Comunicazione in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- GELA: Gene Expression Logic Analyzer (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- MONSTER v1.0: a novel procedure to extract and search for RNA non-branching structures (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Integrated analysis of DNA copy number and gene expression data in Lung Cancer models of resistance to targeted therapy (Abstract/Poster in convegno) (Prodotto della ricerca)
- Modules Identification in Protein Structures: The Topological and Geometrical Solutions (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- cuTauLeaping: A GPU-Powered Tau-Leaping Stochastic Simulator for Massive Parallel Analyses of Biological Systems (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- GPU-accelerated simulations of mass-action kinetics models with cupSODA (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Massive exploration of perturbed conditions of the blood coagulation cascade through GPU parallelization. (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Quasi-Steady-State Approximations of the Chemical Master Equation in Enzyme Kinetics - Application to the Double Phosphorylation/Dephosphorylation Cycle (Contributo in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1301)
- On the integration of protein-protein interaction networks with gene expression and 3D structural data: What can be gained? (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- An Integrated Approach (CLuster Analysis Integration Method) to Combine Expression Data and Protein-Protein Interaction Networks in Agrigenomics: Application on Arabidopsis thaliana (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- GIANT: A cytoscape plugin for modular networks (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
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- Computational strategies for a system-level understanding of metabolism (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
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- Alignment free sequence similarity with bounded hamming distance (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Range LCP (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Integrated Network Analysis Identifies Fight-Club Nodes as a Class of Hubs Encompassing Key Putative Switch Genes That Induce Major Transcriptome Reprogramming during Grapevine Development (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Alzheimer's disease patients classification through EEG signals processing (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- A new procedure to analyze RNA non-branching structures (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Computational analysis identifies a sponge interaction network between long non-coding RNAs and messenger RNAs in human breast cancer (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- A memetic hybrid method for the Molecular Distance Geometry Problem with incomplete information (Contributo in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1301)
- On the functional and structural characterization of hubs in protein-protein interaction networks (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID275182
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID292503
- Istituto esecutore di
- Descrizione di
- Descrizione del modulo "Ottimizzazione e modellistica matematica in biologia (INT.P02.003.001)" (Descrizione modulo)
- Descrizione collaborazioni del modulo "Ottimizzazione e modellistica matematica in biologia (INT.P02.003.001)" (Descrizione collaborazioni)
- Descrizione dello stato di avanzamento delle attività del modulo "Ottimizzazione e modellistica matematica in biologia (INT.P02.003.001)" (Descrizione stato avanzamento attività)