Tomato pectin methylesterase: modeling, fluorescence and inhibitor interaction studies. Comparison with the bacterial (Erwinia chrysanthemi) enzyme. (Articolo in rivista)

Type
Label
  • Tomato pectin methylesterase: modeling, fluorescence and inhibitor interaction studies. Comparison with the bacterial (Erwinia chrysanthemi) enzyme. (Articolo in rivista) (literal)
Anno
  • 2003-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
Alternative label
  • D'Avino R., Camardella L., Christensen T.M.I.E., Giovane A., Servillo S. (2003)
    Tomato pectin methylesterase: modeling, fluorescence and inhibitor interaction studies. Comparison with the bacterial (Erwinia chrysanthemi) enzyme.
    in Proteins (Print)
    (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori
  • D'Avino R., Camardella L., Christensen T.M.I.E., Giovane A., Servillo S. (literal)
Pagina inizio
  • 830 (literal)
Pagina fine
  • 839 (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#altreInformazioni
  • Fra gli autori di questo studio, i Prof Giovane e Prof. Servillo hanno scoperto l’inibitore della pectina metilesterasi. Questo lavoro, svolto nell’ambito di una collaborazione internazionale, è frutto di competenze diverse (biochimica, chimico-fisica, costruzione di modelli molecolari ed analisi di struttura). Impact Factor 3.894. (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume
  • 53 (literal)
Rivista
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#descrizioneSinteticaDelProdotto
  • La pectina metilesterasi (PME) è coinvolta nella degradazione della pectina, costituente primo della parete cellulare vegetale, ed in tutti i fenomeni che comportano un rimodellamento della parete cellulare. Nel frutto del kiwi e’ stata rinvenuta una proteina che inibisce la PME (PMEI) e che si ritiene possa avere un ruolo importante nella modulazione dell’attivita’ catalitica dell’enzima. Nell’ambito di questo studio è stato caratterizzato il complesso PME-PMEI adoperando PME di pomodoro e del batterio fitopatogeno Erwinia chrysanthemi. Per studiare le differenze tra la PME batterica e quella di pianta sono tati costruiti modelli molecolari della PME di pomodoro. Con l’ausilio dei modelli sono stati interpretati e pianificati esperimenti di fluorescenza. Questo studio ha dimostrato che 1) l’interazione tra l’inibitore e la PME di pomodoro è dipendente dal pH e che l’affinità, estremamente elevata a pH 6.0-6.5 (5 x10 –9 M), decresce fino ad annullarsi a pH 8.5. 2) non vi è interazione tra l’inibitore e la PME di E. chrysanthemi. 3) l’inibitore si lega alla PME nel sito catalitico. 4) uno dei due aspartici del sito catalitico si ionizza nell’intervallo di pH tra 6.5 e 7.5 confermando così il supposto ruolo di acido-base di questo residuo nella catalisi della pectina. L’analisi comparativa della struttura delle due PME indica che la maggiore profondità dei loops che contengono il sito attivo è responsabile della mancata interazione tra l’inibitore e la PME batterica. (literal)
Note
  • ISI Web of Science (WOS) (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni
  • Institute of Protein Biochemistry,CNR, NA Danisco, Second University of Naples, NA (literal)
Titolo
  • Tomato pectin methylesterase: modeling, fluorescence and inhibitor interaction studies. Comparison with the bacterial (Erwinia chrysanthemi) enzyme. (literal)
Abstract
  • The molecular model of Lycopersicon esculentum (tomato) pectin methylesterase (PME) was built by using the X-ray crystal structure of PME from the phytopathogenic bacterium Erwinia chrysanthemi as a template. The overall structure and the position of catalytically important residues (Asp132, Asp 153, and Arg 221, located at the bottom of the active site cleft) are conserved. Instead, loop regions forming the walls of the catalytic site are much shorter and form a less deep cleft, as already revealed by the carrot PME crystal structure. The protein inhibitor of pectin methylesterase (PMEI) isolated from kiwi fruit binds tomato PME with high affinity. Conversely, no complex formation between the inhibitor and PME from E. chrysanthemi is observed, and the activity of this enzyme is unaffected by the presence of the inhibitor. Fluorescence quenching experiments on tomato PME and on PME-PMEI complex suggest that tryptophanyl residues present in the active site region are involved in the interaction and that the inhibitor interacts with plant PME at the level of the active site. We also suggest that the more open active site cleft of tomato PME allows the interaction with the inhibitor. Conversely, the narrow and deep cleft of the active site of E. chrysanthemi PME hinders this interaction. The pH-dependent changes in fluorescence emission intensity observed in tomato PME could arise as the result of protonation of an Asp residue with unusually high pKa, thus supporting the hypothesis that Asp132 acts as acid/base in the catalytic cycle. (literal)
Prodotto di
Autore CNR
Insieme di parole chiave

Incoming links:


Autore CNR di
Prodotto
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#rivistaDi
Insieme di parole chiave di
data.CNR.it