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Limited diversity of the immunoglobulin haevy chain variable domain of the emerald rockcod Trematomus bernacchii (Articolo in rivista)
- Type
- Label
- Limited diversity of the immunoglobulin haevy chain variable domain of the emerald rockcod Trematomus bernacchii (Articolo in rivista) (literal)
- Anno
- 2003-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
- Alternative label
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- Coscia M.R., Oreste U. (literal)
- Pagina inizio
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- Lo studio affrontava un problema chiave dellimmunologia comparata dei vertebrati inferiori, cioè in che misura le varie specie sono in grado di sintetizzare anticorpi di specificità diversa. I risultati dellindagine condotta indicano che la specie studiata, adattata a vivere nellambiente estremo antartico, mostra una bassa diversità anticorpale in paragone con le specie viventi in ambienti temperati. Tale diversità è limitatissima nelle regioni cornice (FR), probabilmente a causa di vincoli strutturali determinati dallambiente, e più elevata, rispetto ad altre specie, nelle regioni che determinano la diversità (CDR) in particolare nella CDR2. Impact Factor 1.823. (literal)
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- Rivista
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- La diversità del dominio variabile della catena pesante dellimmunoglobulina del teleosteo antartico, Trematomus bernacchii è stato oggetto di studio. Sono stati analizzati cloni contenenti sequenze dei segmenti genici VH, D e JH riarrangiati, provenienti da una libreria di espressione immunoselezionata con anticorpi di coniglio anti-catena pesante, o da una libreria di cDNA ottenuta da 5 RACE. Le sequenze dei segmenti VH mostravano in media il 79.9% didentità nucleotidica e definivano solo due famiglie geniche VH denominate, seguendo i criteri della nomenclatura internazionale, Trbe VH I e Trbe VH II.. l89% delle sequenze analizzate appartenevano alla famiglia Trbe VH II. Una analisi mediante Southern Blot, facendo uso di probes famiglia-specifici, rivelava che nel genoma sono presenti almeno 25 segmenti genici VH. Una analisi filogenetica mostrava che la famiglia Trbe VH I appartiene al gruppo di famiglie denominato D e che la famiglia Trbe VH I appartiene al gruppo C. Lanalisi dellentropia di posizione di Shannon rivelava una particolarmente alta conservazione delle regioni FR; tra le CDR, la CDR2 esibiva il un valore di entropia media più elevato di quello esibito dalla CDR1, dimostrando un maggior coinvolgimento nel determinare lampiezza del repertorio anticorpale. Nel loro insieme tali dati suggeriscono una limitata diversità, nella specie in esame, dei segmenti genici implicati nella ricombinazione somatica. (literal)
- Note
- ISI Web of Science (WOS) (literal)
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- Titolo
- Limited diversity of the immunoglobulin haevy chain variable domain of the emerald rockcod Trematomus bernacchii (literal)
- Abstract
- To investigate the diversity of the immunoglobulin heavy chain variable domain of the cold adapted teleost Trematomus bernacchii, 45 cDNA clones, containing complete or partial sequences of rearranged VH/D/JH segments, were analysed. Clones were isolated from a spleen library constructed by 5' RACE or from an expression library previously constructed and immunoscreened with rabbit anti- T. bernacchii Ig heavy chain antibodies. VH sequences shared, on average, 79.9% nucleotide identity and defined only two gene families referred to as Trbe VH I and Trbe VH II, the latter comprising 89% of the VH sequences analysed in this study. A Southern blot analysis, performed with family specific probes, revealed that there are at least 25 genomic VH genes. A phylogenetic tree showed that Trbe VH I clustered with VH genes belonging to group D and Trbe VH II with those of group C. Four putative distinct D segments were found to contribute to the diversity of CDR3, which showed a high glycine content. The Shannon analysis revealed that FRs are very highly conserved. Of CDRs, CDR2 exhibits a mean entropy value higher than CDR1, contributing to variability in a significant manner. Moreover, eight distinct JH segments were identified. These findings provide several clues suggesting a limited diversity of the VH genes in the Antarctic teleost T. bernacchii. (literal)
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