http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID8614
Specific features of immunoglobulin VH genes of the Antarctic teleost Trematomus bernacchii (Articolo in rivista)
- Type
- Label
- Specific features of immunoglobulin VH genes of the Antarctic teleost Trematomus bernacchii (Articolo in rivista) (literal)
- Anno
- 2002-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
- Alternative label
- Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori
- Oreste U., Coscia M.R. (literal)
- Pagina inizio
- Pagina fine
- Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#altreInformazioni
- Le sequenze nucleotidiche determinate sono state inserite nella banca GenBank ed utilizzate dallIMGT (the international ImMunoGeneTics information system®) nei propri databases. Impact Factor 3.041. (literal)
- Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume
- Rivista
- Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#descrizioneSinteticaDelProdotto
- La ricombinazione somatica di diversi segmenti genici costituisce la principale fonte della diversità anticorpale nei mammiferi. Obiettivo del lavoro è stato lo studio della diversità dei trascritti codificanti la catena pesante delle immunoglobline del teleosteo antartico Trematomus bernacchii. A tale scopo è stata costruita una libreria di cDNA mediante la tecnica 5RACE a partire da RNA di milza. Lanalisi di 45 sequenze di segmenti genici riarrangiati ha mostrato la presenza di un alto numero di repeats e sequenze palindromiche specialmente nelle CDR (Regioni determinanti la complementarità); il motivo RGYW, conosciuto come target preferenziale di mutazioni, era prevalente nelle CDR ed il 64% delle mutazioni era localizzato in tali motivi. Lanalisi dellutilizzo dei codoni della serina mostrava una preferenza dei codoni AGY nelle CDR e dei codoni TCN al di fuori di esse. Nelle CDR la frequenza delle variazioni non-sinonime era maggiore di quelle sinonime. La diversità generata da inserzioni/delezioni era più rilevante nella specie in esame rispetto ad altre specie. Le basi inserite erano spesso ripetizioni di quelle adiacenti. In particolare la maggiore eterogeneità di lunghezza era ritrovata nella CDR2. Allineamenti di sequenze VH indicavano che la diversità può generarsi anche mediante conversione genica. Questi dati indicano nella specie in esame una mutabilità delle CDR più elevata e forniscono prove di eventi della ipermutazione somatica nei teleostei. (literal)
- Note
- ISI Web of Science (WOS) (literal)
- Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni
- Titolo
- Specific features of immunoglobulin VH genes of the Antarctic teleost Trematomus bernacchii (literal)
- Abstract
- The somatic recombination of different germline-encoded gene segments constitutes a principal source of antibody diversity. In order to investigate the diversity in recombined gene segments encoding the immunoglobulin heavy chain of the Antarctic teleost Trematomus bernacchii, a VH library was constructed by 5'-RACE (rapid amplification of cDNA ends) using RNA isolated from the spleen of an individual specimen. Analysis of cDNA sequences of 45 rearranged VH/D/JH segments revealed specific features, such as: high number of repeats, up to 8 bp long, and palindromic sequences, especially in CDRs (complementary determining regions); occurrence of the RGYW consensus, known as mutational hot spot, higher than in other species. Sixty-four percent of single base substitutions was found within this motif. In addition, the usage of serine codons showed a clear bias for AGY in CDRs, particularly in CDR2, and for TCN in FRs (framework regions). In CDRs, the frequency of non-synonymous changes was higher than that of synonymous changes. Diversity generated by insertions/deletions occurred more often than in other species; inserted bases were often repeats of adjacent bases. In particular the CDR2 showed the highest length variability as compared to other species. Alignment of VH sequences indicated that also the gene conversion mechanism may contribute to generating diversity. These data indicate a CDR mutability higher than in other species and provide some insights into the hypermutational events that may also occur in teleosts. (literal)
- Prodotto di
- Autore CNR
- Insieme di parole chiave
Incoming links:
- Autore CNR di
- Prodotto
- Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#rivistaDi
- Insieme di parole chiave di