Molecular-dynamics analysis of a second phosphate site in the hemoglobins of the seabird south polar skua. Is there a site-site migratory mechanism along the central cavity? (Articolo in rivista)

Type

• Articolo in rivista (Classe)
• Prodotto della ricerca (Classe)

Label

• Molecular-dynamics analysis of a second phosphate site in the hemoglobins of the seabird south polar skua. Is there a site-site migratory mechanism along the central cavity? (Articolo in rivista) (literal)

Anno

• 2001-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

Alternative label

• Riccio A.1, Tamburrini M.1, Giardina B.2, di Prisco G.1 (2001)
  Molecular-dynamics analysis of a second phosphate site in the hemoglobins of the seabird south polar skua. Is there a site-site migratory mechanism along the central cavity?
  in Biophysical journal (Print)
  (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori

• Riccio A.1, Tamburrini M.1, Giardina B.2, di Prisco G.1 (literal)

Pagina inizio

• 1938 (literal)

Pagina fine

• 1946 (literal)

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• L’importanza di questo lavoro è stata confermata dalla pubblicazione di molti lavori sulla scoperta in altre molecole di emoglobina con un meccanismo analogo di migrazione del fosfato da sito a sito. Impact Factor 4.636 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume

• 81 (literal)

Rivista

• Biophysical journal (Rivista)

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• La funzione dell’emoglobina è regolata allostericamente da piccole molecole chiamate effettori (organofosfati, cloruri e pH). Il sito di legame degli organofosfati dell’emoglobina umana è localizzato all’interfacie tra le due catene beta della molecola. Nelle emoglobine di Catharacta maccormicki, uno skua dell’Oceano del Sud, è stato identificato un sito addizionale rispetto al classico costituito da un “cluster” di sei cariche positive localizzate sulle due catene alpha del tetrametro. Usando un approccio di dinamica molecolare è stata confermata la struttura del nuovo sito ed è stato ipotizzato un nuovo meccanismo di migrazione molecolare per il fosfato lungo la cavità centrale dell’emoglobina dello skua. (literal)

Note

• ISI Web of Science (WOS) (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni

• 1 CNR, 2 Uni Cattolica Roma (literal)

Titolo

• Molecular-dynamics analysis of a second phosphate site in the hemoglobins of the seabird south polar skua. Is there a site-site migratory mechanism along the central cavity? (literal)

Abstract

• Hemoglobin function is modulated by several non-heme ligands; among these effectors, organic phosphates generally bind to heterotropic sites with a one-to-one stoichiometry. The phosphate binding site of human hemoglobin is located at the interface between the two beta chains. An additional binding site for polyanions has been studied at the molecular level (Tamburrini, M., A. Riccio, M. Romano, B. Giardina, and G. di Prisco. 2000. Eur. J. Biochem. 267:6089-6098) in the hemoglobins of the south polar skua (Catharacta maccormicki). It is formed by a cluster of six positive charges of both alpha chains (Val-1, Lys-99, Arg-141); the two Lys-99alpha have an essential role in the site structure. The present investigation, carried out on skua deoxyhemoglobins by using a molecular dynamics approach, confirms the structural feasibility of the additional site, possibly having the role of an entry-leaving site, and leads to the proposal of a novel migration pathway for phosphate along the central cavity of hemoglobin from one binding site to the other, occurring according to the hypothesis of a site-site migratory mechanism, which may assign a functional role to the central cavity. The role of Lys-99alpha was further confirmed by molecular dynamics experiments on the mutant Lys-99alpha-->Ala in which, at the end of the simulation, the phosphate was external to the additional site. (literal)

Prodotto di

• Institute of protein biochemistry (IBP) (Istituto)

Autore CNR

• MAURIZIO TAMBURRINI (Unità di personale interno)
• GUIDO DI PRISCO (Unità di personale interno)

Insieme di parole chiave

• Keywords of "Molecular-dynamics analysis of a second phosphate site in the hemoglobins of the seabird south polar skua. Is there a site-site migratory mechanism along the central cavity?" (Insieme di parole chiave)

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Autore CNR di

• MAURIZIO TAMBURRINI (Unità di personale interno)
• GUIDO DI PRISCO (Unità di personale interno)

Prodotto

• Institute of protein biochemistry (IBP) (Istituto)

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• Biophysical journal (Rivista)

Insieme di parole chiave di

• Keywords of "Molecular-dynamics analysis of a second phosphate site in the hemoglobins of the seabird south polar skua. Is there a site-site migratory mechanism along the central cavity?" (Insieme di parole chiave)