Solving haplotyping inference parsimony problem using a new basic polynomial formulation (Articolo in rivista)

Type

• Articolo in rivista (Classe)
• Prodotto della ricerca (Classe)

Label

• Solving haplotyping inference parsimony problem using a new basic polynomial formulation (Articolo in rivista) (literal)

Anno

• 2008-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

Alternative label

• Bertolazzi, P.; Godi, A.; Labbè, M.; Tininini, L. (2008)
  Solving haplotyping inference parsimony problem using a new basic polynomial formulation
  in Computers & mathematics with applications (1987)
  (literal)

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• Bertolazzi, P.; Godi, A.; Labbè, M.; Tininini, L. (literal)

Pagina inizio

• 900 (literal)

Pagina fine

• 911 (literal)

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• 55 (literal)

Rivista

• Computers & mathematics with applications (Rivista)

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• doi : 10.1016/j.camwa.2006.12.095 (literal)

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• 12 (literal)

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• 5 (literal)

Note

• Elsevier (literal)
• Mathematical Reviews on the web (MathSciNet) (literal)
• Scopu (literal)
• ISI Web of Science (WOS) (literal)

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• Paola Bertolazzi Istituto di Analisi dei Sistemi e Informatica \"A. Ruberti\" CNR Alessandra Godi Universita' di Roma Tre Martine Labbe Universite Libre de Bruxelles Leonrado Tinini Istituto di Analisi dei Sistemi e Informatica \"A. Ruberti\" CNR (literal)

Titolo

• Solving haplotyping inference parsimony problem using a new basic polynomial formulation (literal)

Abstract

• Similarity and diversity among individuals of the same species are expressed in small DNA variations called Single Nucleotide Polymorphism. The knowledge of SNP phase gives rise to the haplotyping problem that in the parsimonious version states to infer the minimum number of haplotypes from a given set of genotype data. ILP technique represents a good resolution strategy for this interesting combinatorial problem whose main limit lies in its NP-hardness. In this paper we present a new polynomial model for the haplotyping inference by parsimony problem characterized by the original use of a maximum formulation jointly with a good heuristic solution. This approach showed to be a robust basic model that can be used as starting point for more sophisticated ILP techniques like branch and cut and polyhedral studies. (literal)

Prodotto di

• Controllo e Ottimizzazione di Sistemi Complessi (ICT.P11.005.001) (Modulo)
• Ottimizzazione e modellistica matematica in biologia (INT.P02.003.001) (Modulo)
• Istituto di analisi dei sistemi ed informatica \"Antonio Ruberti\" (IASI) (Istituto)

Autore CNR

• PAOLA BERTOLAZZI (Unità di personale interno)

Incoming links:

Autore CNR di

• PAOLA BERTOLAZZI (Unità di personale interno)

Prodotto

• Istituto di analisi dei sistemi ed informatica \"Antonio Ruberti\" (IASI) (Istituto)
• Controllo e Ottimizzazione di Sistemi Complessi (ICT.P11.005.001) (Modulo)
• Ottimizzazione e modellistica matematica in biologia (INT.P02.003.001) (Modulo)

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• Computers & mathematics with applications (Rivista)