Tissue-specific mtDNA abundance from exome data and its correlation with mitochondrial transcription, mass and respiratory activity. (Articolo in rivista)

Type

• Prodotto della ricerca (Classe)
• Articolo in rivista (Classe)

Label

• Tissue-specific mtDNA abundance from exome data and its correlation with mitochondrial transcription, mass and respiratory activity. (Articolo in rivista) (literal)

Anno

• 2015-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#doi

• 10.1016/j.mito.2014.10.005 (literal)

Alternative label

• D'Erchia, Anna Maria; Atlante, Anna; Gadaleta, Gemma; Pavesi, Giulio; Chiara, Matteo; De Virgilio, Caterina; Manzari, Caterina; Mastropasqua, Francesca; Prazzoli, Gian Marco; Picardi, Ernesto; Gissi, Carmela; Horner, David; Reyes, Aurelio; Sbisa, Elisabetta; Tullo, Apollonia; Pesole, Graziano (2015)
  Tissue-specific mtDNA abundance from exome data and its correlation with mitochondrial transcription, mass and respiratory activity.
  in Mitochondrion (Amsterdam. Online); Elsevier, Amsterdam (Paesi Bassi)
  (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori

• D'Erchia, Anna Maria; Atlante, Anna; Gadaleta, Gemma; Pavesi, Giulio; Chiara, Matteo; De Virgilio, Caterina; Manzari, Caterina; Mastropasqua, Francesca; Prazzoli, Gian Marco; Picardi, Ernesto; Gissi, Carmela; Horner, David; Reyes, Aurelio; Sbisa, Elisabetta; Tullo, Apollonia; Pesole, Graziano (literal)

Pagina inizio

• 13 (literal)

Pagina fine

• 21 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume

• 20 (literal)

Rivista

• Mitochondrion (Rivista)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#pagineTotali

• 9 (literal)

Note

• ISI Web of Science (WOS) (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni

• Dipartimento di Bioscienze, Biotecnologie e Biofarmaceutica, Università degli Studi di Bari Aldo Moro, Via Orabona 4, Bari 70126, Italy. Istituto di Biomembrane e Bioenergetica, CNR, via Amendola 165/A, Bari 70126, Italy. Dipartimento di Bioscienze, Università degli Studi di Milano, Via Celoria 26, Milano 20133, Italy. Mitochondrial Biology Unit, Medical Research Council, Wellcome Trust/MRC Building, Hills Road, Cambridge CB2 0XY, United Kingdom. Istituto di Tecnologie Biomediche- Sede di Bari, CNR, Via Amendola 122/D, Bari 70126, Italy. Dipartimento di Bioscienze, Biotecnologie e Biofarmaceutica, Università degli Studi di Bari Aldo Moro, Via Orabona 4, Bari 70126, Italy; Electronic address: graziano.pesole@uniba.it. (literal)

Titolo

• Tissue-specific mtDNA abundance from exome data and its correlation with mitochondrial transcription, mass and respiratory activity. (literal)

Abstract

• Eukaryotic cells contain a population of mitochondria, variable in number and shape, which in turn contain multiple copies of a tiny compact genome (mtDNA) whose expression and function is strictly coordinated with the nuclear one. mtDNA copy number varies between different cell or tissues types, both in response to overall metabolic and bioenergetics demands and as a consequence or cause of specific pathological conditions. Here we present a novel and reliable methodology to assess the effective mtDNA copy number per diploid genome by investigating off-target reads obtained by whole-exome sequencing (WES) experiments. We also investigate whether and how mtDNA copy number correlates with mitochondrial mass, respiratory activity and expression levels. Analyzing six different tissues from three age- and sex-matched human individuals, we found a highly significant linear correlation between mtDNA copy number estimated by qPCR and the frequency of mtDNA off target WES reads. Furthermore, mtDNA copy number showed highly significant correlation with mitochondrial gene expression levels as measured by RNA-Seq as well as with mitochondrial mass and respiratory activity. Our methodology makes thus feasible, at a large scale, the investigation of mtDNA copy number in diverse cell-types, tissues and pathological conditions or in response to specific treatments. (literal)

Editore

• Elsevier (Editore)

Prodotto di

• Istituto di biomembrane e bioenergetica (IBBE) (Istituto)
• Interrelazione nucleo/citoplasma/mitocondri nell'omeostasi cellulare. (SV.P15.003.001) (Modulo)
• STUDIO DELLA BIODIVERSITA' MOLECOLARE PER LO SVILUPPO DI PROCESSI E PRODOTTI INNOVATIVI (SV.P17.009.001) (Modulo)

Autore CNR

• ANNA ATLANTE (Unità di personale interno)
• GRAZIANO PESOLE (Unità di personale interno)

Incoming links:

Prodotto

• Istituto di biomembrane e bioenergetica (IBBE) (Istituto)
• Interrelazione nucleo/citoplasma/mitocondri nell'omeostasi cellulare. (SV.P15.003.001) (Modulo)
• STUDIO DELLA BIODIVERSITA' MOLECOLARE PER LO SVILUPPO DI PROCESSI E PRODOTTI INNOVATIVI (SV.P17.009.001) (Modulo)

Autore CNR di

• GRAZIANO PESOLE (Unità di personale interno)
• ANNA ATLANTE (Unità di personale interno)

Editore di

• Elsevier (Editore)

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• Mitochondrion (Rivista)