CorrelaGenes: a new tool for the interpretation of the human transcriptome. (Articolo in rivista)

Type

• Prodotto della ricerca (Classe)
• Articolo in rivista (Classe)

Label

• CorrelaGenes: a new tool for the interpretation of the human transcriptome. (Articolo in rivista) (literal)

Anno

• 2014-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#doi

• 10.1186/1471-2105-15-S1-S6 (literal)

Alternative label

• Cremaschi P, Rovida S, Sacchi L, Lisa A, Calvi F, Montecucco A, Biamonti G, Bione S, Sacchi G. (2014)
  CorrelaGenes: a new tool for the interpretation of the human transcriptome.
  in BMC bioinformatics
  (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori

• Cremaschi P, Rovida S, Sacchi L, Lisa A, Calvi F, Montecucco A, Biamonti G, Bione S, Sacchi G. (literal)

Pagina inizio

• S6 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#url

• http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/S1/S6 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume

• 15 (literal)

Rivista

• BMC bioinformatics (Rivista)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#pagineTotali

• 10 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroFascicolo

• 1 (literal)

Note

• ISI Web of Science (WOS) (literal)
• Scopu (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni

• Institute of Molecular Genetics, National Research Council, 27100 Pavia, Italy; Institute of Applied Mathematics and Information Technology \"Enrico Magenes\", National Research Council, 27100 Pavia, Italy; Dipartimento di Ingegneria Industriale e dell'Informazione, University of Pavia, 27100 Pavia, Italy. (literal)

Titolo

• CorrelaGenes: a new tool for the interpretation of the human transcriptome. (literal)

Abstract

• Background: The amount of gene expression data available in public repositories has grown exponentially in the last years, now requiring new data mining tools to transform them in information easily accessible to biologists. Results: By exploiting expression data publicly available in the Gene Expression Omnibus (GEO) database, we developed a new bioinformatics tool aimed at the identification of genes whose expression appeared simultaneously altered in different experimental conditions, thus suggesting co-regulation or coordinated action in the same biological process. To accomplish this task, we used the 978 human GEO Curated DataSets and we manually performed the selection of 2,109 pair-wise comparisons based on their biological rationale. The lists of differentially expressed genes, obtained from the selected comparisons, were stored in a PostgreSQL database and used as data source for the CorrelaGenes tool. Our application uses a customized Association Rule Mining (ARM) algorithm to identify sets of genes showing expression profiles correlated with a gene of interest. The significance of the correlation is measured coupling the Lift, a well-known standard ARM index, and the ?2 p value. The manually curated selection of the comparisons and the developed algorithm constitute a new approach in the field of gene expression profiling studies. Simulation performed on 100 randomly selected target genes allowed us to evaluate the efficiency of the procedure and to obtain preliminary data demonstrating the consistency of the results. Conclusions: The preliminary results of the simulation showed how CorrelaGenes could contribute to the characterization of molecular pathways and biological processes integrating data obtained from other applications and available in public repositories. (literal)

Prodotto di

• Studio della regolazione post-trascrizionale dell'espressione genica in risposta a stress. Fattori che controllano lo splicing dei mRNA in cellule normali e nei tumori. (SV.P13.001.001) (Modulo)
• Istituto di matematica applicata e tecnologie informatiche \"Enrico Magenes\" (IMATI) (Istituto)
• Metodi e algoritmi per la risoluzione di problemi complessi in ambienti di calcolo ad alte prestazioni (ICT.P11.011.002) (Modulo)
• Institute of molecular genetics (IGM) (Istituto)
• Cromosomi artificiali per terapia genica. Studi sulla replicazione del DNA in cellule umane ; controllo del ciclo cellulare e della proliferazione. (ME.P05.006.001) (Modulo)
• Biologia Computazionale (ME.P07.005.001) (Modulo)

Autore CNR

• ANTONELLA LISA (Persona)
• SERGIO CESARE ROVIDA (Unità di personale interno)
• ALESSANDRA MONTECUCCO (Unità di personale interno)
• GIOVANNI SACCHI (Persona)
• GIUSEPPE BIAMONTI (Unità di personale interno)
• FRANCESCA CALVI (Persona)
• SILVIA BIONE (Unità di personale interno)

Incoming links:

Prodotto

• Institute of molecular genetics (IGM) (Istituto)
• Istituto di matematica applicata e tecnologie informatiche \"Enrico Magenes\" (IMATI) (Istituto)
• Biologia Computazionale (ME.P07.005.001) (Modulo)
• Cromosomi artificiali per terapia genica. Studi sulla replicazione del DNA in cellule umane ; controllo del ciclo cellulare e della proliferazione. (ME.P05.006.001) (Modulo)
• Studio della regolazione post-trascrizionale dell'espressione genica in risposta a stress. Fattori che controllano lo splicing dei mRNA in cellule normali e nei tumori. (SV.P13.001.001) (Modulo)
• Metodi e algoritmi per la risoluzione di problemi complessi in ambienti di calcolo ad alte prestazioni (ICT.P11.011.002) (Modulo)

Autore CNR di

• SILVIA BIONE (Unità di personale interno)
• ANTONELLA LISA (Persona)
• ALESSANDRA MONTECUCCO (Unità di personale interno)
• GIUSEPPE BIAMONTI (Unità di personale interno)
• GIOVANNI SACCHI (Persona)
• SERGIO CESARE ROVIDA (Unità di personale interno)
• FRANCESCA CALVI (Persona)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#rivistaDi

• BMC bioinformatics (Rivista)