Development of specific primers for cpSSR analysis in caper, olive and grapevine using consensus chloroplast primer pairs (Articolo in rivista)

Type

• Articolo in rivista (Classe)
• Prodotto della ricerca (Classe)

Label

• Development of specific primers for cpSSR analysis in caper, olive and grapevine using consensus chloroplast primer pairs (Articolo in rivista) (literal)

Anno

• 2009-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

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• 10.1016/j.scienta.2008.09.002 (literal)

Alternative label

• Siragusa M, Carimi F (2009)
  Development of specific primers for cpSSR analysis in caper, olive and grapevine using consensus chloroplast primer pairs
  in Scientia horticulturae; Elsevier, Amsterdam (Paesi Bassi)
  (literal)

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• Siragusa M, Carimi F (literal)

Pagina inizio

• 14 (literal)

Pagina fine

• 21 (literal)

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• http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304423808003889 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume

• 120 (literal)

Rivista

• Scientia horticulturae (Rivista)

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• 8 (literal)

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• 1 (literal)

Note

• ISI Web of Science (WOS) (literal)

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• Institute of Plant Genetics - CNR, Research Division Palermo, Corso Calatafimi 414, I-90129 Palermo, Italy (literal)

Titolo

• Development of specific primers for cpSSR analysis in caper, olive and grapevine using consensus chloroplast primer pairs (literal)

Abstract

• Chloroplast SSR (cpSSR) markers have demonstrated utility in studying genetic relationships. DNA sequence information of the chloroplast genome is necessary for the development of cpSSR primer pairs. To overcome this limitation, “consensus” primers have been developed to amplify the homologous regions in plants where chloroplast sequences are not available. However, 80% Pinus thunbergi and Nicotiana tabacum developed “consensus” primers tested with grapevine, olive and caper showed multi-locus patterns. The presence of multi-locus patterns requires the use of agarose gel electrophoresis followed from isolation and sequencing of the bands. Herein, a PCR-strategy is proposed to construct specific cpSSR primer pairs without genomic sequence information, giving single-band amplifications that can be directly sequenced. Twelve new specific cpSSR primer pairs were developed for Capparis spinosa L., Olea europea L. and Vitis vinifera L. PCR products were sequenced to confirm the presence of microsatellite sequences, and their transportability was tested on six V. vinifera cultivars. Both single-nucleotide polymorphisms and polymorphic cpSSR were observed in the six grapevine cultivars using the specific cpSSR primers. (literal)

Editore

• Elsevier (Editore)

Prodotto di

• Miglioramento genetico e valorizzazione delle specie arboree (AG.P02.011.001) (Modulo)
• Istituto di Bioscienze e Biorisorse (IBBR) (Istituto)

Autore CNR

• FRANCESCO CARIMI (Unità di personale interno)
• MIRKO SIRAGUSA (Unità di personale esterno)

Insieme di parole chiave

• Parole chiave di "Development of specific primers for cpSSR analysis in caper, olive and grapevine using consensus chloroplast primer pairs" (Insieme di parole chiave)

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Autore CNR di

• FRANCESCO CARIMI (Unità di personale interno)
• MIRKO SIRAGUSA (Unità di personale esterno)

Prodotto

• Istituto di Bioscienze e Biorisorse (IBBR) (Istituto)
• Miglioramento genetico e valorizzazione delle specie arboree (AG.P02.011.001) (Modulo)

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• Scientia horticulturae (Rivista)

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• Elsevier (Editore)

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