DNAfan: a software tool for automated extraction and analysis of user-defined sequence regions (Articolo in rivista)

Type

• Prodotto della ricerca (Classe)
• Articolo in rivista (Classe)

Label

• DNAfan: a software tool for automated extraction and analysis of user-defined sequence regions (Articolo in rivista) (literal)

Anno

• 2004-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#doi

• 10.1093/bioinformatics/bth420 (literal)

Alternative label

• Gisel, A.; Panetta, M.; Grillo, G.; Licciulli, VF.; Liuni, S.; Saccone, C.; Pesole, G. (2004)
  DNAfan: a software tool for automated extraction and analysis of user-defined sequence regions
  in Bioinformatics (Oxf., Print)
  (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori

• Gisel, A.; Panetta, M.; Grillo, G.; Licciulli, VF.; Liuni, S.; Saccone, C.; Pesole, G. (literal)

Pagina inizio

• 3676 (literal)

Pagina fine

• 3679 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume

• 20 (literal)

Rivista

• Bioinformatics (Rivista)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroFascicolo

• 18 (literal)

Note

• ISI Web of Science (WOS) (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni

• Sezione di Bioinformatica e Genomica di Bari, Istituto di Tecnologie Biomediche, CNR, Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare, Università di Bari, Dipartimento di Scienze Biomolecolari e Biotecnologie, Università di Milano (literal)

Titolo

• DNAfan: a software tool for automated extraction and analysis of user-defined sequence regions (literal)

Abstract

• DNAfan (DNA Feature ANalyzer) is a tool combining sequence-filtering and pattern searching. DNAfan automatically extracts user-defined sets of sequence fragments from large sequence sets. Fragments are defined by annotated gene feature keys and co- or non-occurring patterns within the feature or close to it. A gene feature parser and a pattern-based filter tool localizes and extracts the specific subset of sequences. The selected sequence data can subsequently be retrieved for analyses or further processed with DNAfan to find the occurrence of specific patterns or structural motifs. DNAfan is a powerful tool for pattern analysis. Its filter features restricts the pattern search to a well-defined set of sequences, allowing drastic reduction in false positive hits. (literal)

Prodotto di

• Bioinformatica per la Genomica Funzionale e Comparata (SV.P18.004.001) (Modulo)

Autore CNR

• SABINO LIUNI (Persona)
• VITO FLAVIO LICCIULLI (Unità di personale interno)
• GRAZIANO PESOLE (Unità di personale interno)
• ANDREAS GISEL (Persona)
• GIORGIO GRILLO (Unità di personale interno)

Incoming links:

Autore CNR di

• VITO FLAVIO LICCIULLI (Unità di personale interno)
• GRAZIANO PESOLE (Unità di personale interno)
• GIORGIO GRILLO (Unità di personale interno)
• SABINO LIUNI (Persona)
• ANDREAS GISEL (Persona)

Prodotto

• Bioinformatica per la Genomica Funzionale e Comparata (SV.P18.004.001) (Modulo)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#rivistaDi

• Bioinformatics (Rivista)