Solution of organic crystal structures from powder diffraction by combining simulated annealing and direct methods (Articolo in rivista)

Type
Label
  • Solution of organic crystal structures from powder diffraction by combining simulated annealing and direct methods (Articolo in rivista) (literal)
Anno
  • 2003-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#doi
  • 10.1107/S0021889802022641 (literal)
Alternative label
  • Altomare A. 1, Caliandro R. 1, Giacovazzo C. 2, Moliterni A.G.G. 1, Rizzi R. 1 (2003)
    Solution of organic crystal structures from powder diffraction by combining simulated annealing and direct methods
    in Journal of applied crystallography
    (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori
  • Altomare A. 1, Caliandro R. 1, Giacovazzo C. 2, Moliterni A.G.G. 1, Rizzi R. 1 (literal)
Pagina inizio
  • 230 (literal)
Pagina fine
  • 238 (literal)
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  • La ricerca descritta nell’articolo proposto ha il merito di combinare l’approccio tradizionale per la risoluzione di strutture cristallina da dati di diffrazione X da polveri, basato sui metodi diretti, con un approccio di tipo Monte Carlo operante nello spazio diretto. Ciò ha permesso di superare le limitazioni alla soluzione di strutture organiche da polveri proprie dei due metodi presi separatamente. Tale risultato ha notevole importanza nell’ambito delle metodologie cristallografiche, per cui è stato pubblicato in una delle riviste più diffuse del settore (fattore di impatto 1.871, fonte JCR, 2002) ed è stato presentato oralmente al XXXII Congresso Nazionale dell’Associazione Italiana di Cristallografia, tenutosi a Bressanone dal 24 al 27 Settembre 2002. La ricerca assume particolare rilevanza anche in campo applicativo, in quanto permette di caratterizzare in maniera completamente automatica nuovi composti farmaceutici. (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume
  • 36 (literal)
Rivista
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#descrizioneSinteticaDelProdotto
  • L’articolo proposto descrive una procedura che consente di utilizzare attivamente una informazione strutturale parziale per riconoscere la struttura completa di composti organici in polvere a partire da dati di diffrazione da raggi X.. I composti organici in polvere risultano particolarmente resistenti alla risoluzione strutturale basata sui metodi diretti, anche se in genere sono disponibili modelli approssimati della loro struttura. La procedura proposta parametrizza il modello strutturale in termini di distanze ed angoli di legame e di angoli di torsione (in genere incogniti) ed utilizza la mappa di densità elettronica risultante dall’applicazione dei metodi diretti per posizionare il modello all’interno della cella cristallina. L’orientazione e l’esatta configurazione interna sono determinate per mezzo di un algoritmo Monte Carlo che usa il simulated annealing quale metodo di ottimizzazione globale. L’algoritmo è guidato da una funzione costo basata sia sull’accordo tra lo spettro di diffrazione misurato e quello calcolato a partire da una data disposizione degli atomi del modello che sulla distanza di tali atomi dai picchi di densità elettronica. La procedura è stata inclusa nel programma EXPO ed ha permesso di risolvere in maniera completamente automatica composti organici contenenti fino a 132 atomi (non idrogeno) con modelli aventi fino a 9 angoli di torsione incogniti. (literal)
Note
  • ISI Web of Science (WOS) (literal)
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  • 1 CNR-IC, 2 UNI BARI, CNR-IC (literal)
Titolo
  • Solution of organic crystal structures from powder diffraction by combining simulated annealing and direct methods (literal)
Abstract
  • The ab-initio crystal structure solution from powder diffraction data can be attempted via direct methods. If heavy atoms are present, they are usually correctly located: then some crystal chemical information can be exploited to complete the partial structure model. Organic structures are more resistant to direct methods: as an alternative, their molecular geometry is used as prior information for Monte Carlo methods. In this paper a new procedure is described which combines the information contained in the electron density map provided by direct methods with a Monte Carlo method which uses simulated annealing as minimization algorithm. A figure of merit has been designed based on the agreement between the experimental and calculated profiles, and on the positions of the peaks in the electron density map. The procedure is completely automatic and has been included in EXPO; its performance has been validated and tested for a set of known molecular structures. (literal)
Prodotto di
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