A CUDA-based implementation of the SSAKE Genomics Application (Contributo in atti di convegno)

Type

• Prodotto della ricerca (Classe)
• Contributo in atti di convegno (Classe)

Label

• A CUDA-based implementation of the SSAKE Genomics Application (Contributo in atti di convegno) (literal)

Anno

• 2012-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#doi

• 10.1109/PDP.2012.16 (literal)

Alternative label

• Daniele D'Agostino; Andrea Clematis; Alessandro Guffanti; Luciano Milanesi; Ivan Merelli (2012)
  A CUDA-based implementation of the SSAKE Genomics Application
  in 20th Euromicro Conference on Parallel, Distributed and network-based Processing (Euromicro-PDP'12), Garching, Germany, 15-17 February, 2012
  (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori

• Daniele D'Agostino; Andrea Clematis; Alessandro Guffanti; Luciano Milanesi; Ivan Merelli (literal)

Pagina inizio

• 612 (literal)

Pagina fine

• 616 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#titoloVolume

• 2012 20th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-based Processing (literal)

Note

• Scopus (literal)
• Google Scholar (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni

• Institute for Applied Mathematics and Information Technologies National Research Council of Italy, Genoa, Italy Bioinformatics - Genomnia srl, Lainate (Milan) Institute for Biomedical Technologies, National Research Council of Italy, Segrate (Milan), Italy (literal)

Titolo

• A CUDA-based implementation of the SSAKE Genomics Application (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#isbn

• 978-0-7695-4633-9 (literal)

Abstract

• Present advances in sequencing technology make possible to generate large amounts of data in short time. However one major issue is represented by the fact that fragments produced by these high-throughput methods are short and in very high number, resulting in a difficult analytical task. Two different approaches are currently applied to genome assembly, overlap graph and sequence hashing. In particular SSAKE, one of the first and more popular implementation of the sequence hashing algorithm, was designed to leverage the information from short sequence reads by stringently assembling them into contiguous sequences that can be used to characterize novel sequencing targets. In this paper we present an implementation of this tool for the CUDA architecture. (literal)

Editore

• IEEE Computer Society (Editore)

Prodotto di

• Algoritmi e strumenti per il calcolo ad alte prestazioni ed il Grid computing nel trattamento di dati 3D in ambito bioinformatico (INT.P02.008.002) (Modulo)
• Istituto di matematica applicata e tecnologie informatiche \"Enrico Magenes\" (IMATI) (Istituto)
• Metodologie, algoritmi ed applicazioni per Grid di collaborazione (ICT.P09.004.002) (Modulo)
• Applicazioni di approcci multidisciplinari \"Omics\" per l'individuazione di Biomarcatori e per indagini a livello molecolare (INT.P02.015.002) (Modulo)

Autore CNR

• LUCIANO MILANESI (Persona)
• ANDREA CLEMATIS (Persona)
• DANIELE D'AGOSTINO (Persona)
• IVAN MERELLI (Unità di personale interno)

Incoming links:

Autore CNR di

• ANDREA CLEMATIS (Persona)
• DANIELE D'AGOSTINO (Persona)
• LUCIANO MILANESI (Persona)
• IVAN MERELLI (Unità di personale interno)

Prodotto

• Istituto di matematica applicata e tecnologie informatiche \"Enrico Magenes\" (IMATI) (Istituto)
• Metodologie, algoritmi ed applicazioni per Grid di collaborazione (ICT.P09.004.002) (Modulo)
• Algoritmi e strumenti per il calcolo ad alte prestazioni ed il Grid computing nel trattamento di dati 3D in ambito bioinformatico (INT.P02.008.002) (Modulo)
• Applicazioni di approcci multidisciplinari \"Omics\" per l'individuazione di Biomarcatori e per indagini a livello molecolare (INT.P02.015.002) (Modulo)

Editore di

• IEEE Computer Society (Editore)