MUPHY: A parallel MUlti PHYsics/scale code for high performance bio-fluidic simulations (Articolo in rivista)

Type

• Prodotto della ricerca (Classe)
• Articolo in rivista (Classe)

Label

• MUPHY: A parallel MUlti PHYsics/scale code for high performance bio-fluidic simulations (Articolo in rivista) (literal)

Anno

• 2009-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#doi

• 10.1016/j.cpc.2009.04.001 (literal)

Alternative label

• Bernaschi M.; Melchionna S.; Succi S.; Fyta M.; Kaxiras E.; Sircar J. K. (2009)
  MUPHY: A parallel MUlti PHYsics/scale code for high performance bio-fluidic simulations
  in Computer physics communications
  (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori

• Bernaschi M.; Melchionna S.; Succi S.; Fyta M.; Kaxiras E.; Sircar J. K. (literal)

Pagina inizio

• 1495 (literal)

Pagina fine

• 1502 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume

• 180 (literal)

Rivista

• Computer physics communications (Rivista)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroFascicolo

• 9 (literal)

Note

• ISI Web of Science (WOS) (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni

• 1. CNR, Ist Applicaz Calcolo, I-00185 Rome, Italy 2. CNR, Ist Nazl Fis Mat, SOFT, I-00185 Rome, Italy 3. Harvard Univ, Dept Phys, Cambridge, MA 02138 USA 4. Harvard Univ, Sch Engn & Appl Sci, Cambridge, MA 02138 USA 5. Harvard Univ, Initiat Innovat Comp, Cambridge, MA 02138 USA (literal)

Titolo

• MUPHY: A parallel MUlti PHYsics/scale code for high performance bio-fluidic simulations (literal)

Abstract

• We present a parallel version of MUPHY, a multi-physics/scale code based upon the combination of microscopic Molecular Dynamics (MD) with a hydro-kinetic Lattice Boltzmann (LB) method. The features of the parallel version of MUPHY are hereby demonstrated for the case of translocation of biopolymers through nanometer-sized, multi-pore configurations, taking into explicit account the hydrodynamic interactions of the translocating molecules with the surrounding fluid. The parallel implementation exhibits excellent scalability on the IBM BlueGene platform and includes techniques which may improve the flexibility and efficiency of other complex multi-physics parallel applications, such as hemodynamics, targeted-drug delivery and others. (literal)

Prodotto di

• Dinamica dei sistemi complessi fluidodinamici e biologici (MD.P02.002.001) (Modulo)
• Istituto per le applicazioni del calcolo \"Mauro Picone\" (IAC) (Istituto)
• MD.P01.024.001 Dinamica dei sistemi disordinati: materia soffice e biologica (MD.P01.024.002) (Modulo)
• Istituto per i processi chimico-fisici (IPCF) (Istituto)

Autore CNR

• MASSIMO BERNASCHI (Persona)
• SAURO SUCCI (Persona)
• SIMONE MELCHIONNA (Persona)

Incoming links:

Prodotto

• Istituto per i processi chimico-fisici (IPCF) (Istituto)
• Istituto per le applicazioni del calcolo \"Mauro Picone\" (IAC) (Istituto)
• Dinamica dei sistemi complessi fluidodinamici e biologici (MD.P02.002.001) (Modulo)
• MD.P01.024.001 Dinamica dei sistemi disordinati: materia soffice e biologica (MD.P01.024.002) (Modulo)

Autore CNR di

• MASSIMO BERNASCHI (Persona)
• SIMONE MELCHIONNA (Persona)
• SAURO SUCCI (Persona)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#rivistaDi

• Computer physics communications (Rivista)