Modularity and homology: modelling of the titin type I modules and their interfaces. (Articolo in rivista)

Type
Label
  • Modularity and homology: modelling of the titin type I modules and their interfaces. (Articolo in rivista) (literal)
Anno
  • 2001-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
Alternative label
  • Amodeo P, Fraternali F, Lesk AM, Pastore A. (2001)
    Modularity and homology: modelling of the titin type I modules and their interfaces.
    in Journal of Molecular Biology
    (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori
  • Amodeo P, Fraternali F, Lesk AM, Pastore A. (literal)
Pagina inizio
  • 283 (literal)
Pagina fine
  • 296 (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume
  • 311 (literal)
Rivista
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#descrizioneSinteticaDelProdotto
  • Il lavoro descrive l'applicazione di tecniche di predizione strutturale alla proteina modulare gigante Titina, che riveste un fondamentale ruolo strutturale nel muscolo dei vertebrati. Gli aspetti di maggiore interesse del lavoro risiedono sia nella metodologia applicata, la modellazione per omologia, con implicazioni e potenziali applicazioni in campo \"proteomico\", sia nel sistema studiato, la cui caratterizzazione è un passo critico nella descrizione della fisiopatologia muscolare. La Titina è composta da ~300 moduli appartenenti a due classi di fold proteico: Immunoglobulin (Ig)-like e Type 3 Fibronectin (Fn3)-like, alternati con uno schema che varia lungo la sequenza. Poichè le dimensioni della Titina ne hanno prevenuto la determinazione strutturale totale, si è fatto uso della sua modularità per determinare le struttura di singoli moduli, per poi tentarne di individuare la modalità di assemblaggio. Anche con queste approssimazioni, la determinazione diffrattometrica o con risonanza magnetica nucleare di tutti i moduli è troppo dispendiosa e non fornisce informazioni dirette su possibili interazioni tra moduli. In questo contesto, la modellazione per omologia, supportata da un accurato lavoro di allineamento di sequenza, consente allo stesso tempo di ottenere modelli accurati per tutti i moduli, partendo da un numero limitato di strutture note, e di prevedere interazioni tra moduli, sulla base dell'analisi di mutazioni concertate in moduli consecutivi. (literal)
Note
  • ISI Web of Science (WOS) (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni
  • Pietro Amodeo,ICB-CNR; Annalisa Pastore & Franca Fraternali, NIMR-MRC London(UK); Arthur Lesk, IMMD-MRC Cambridge(UK) (literal)
Titolo
  • Modularity and homology: modelling of the titin type I modules and their interfaces. (literal)
Abstract
  • Titin is a giant muscle protein with a highly modular architecture consisting of multiple repeats of two sequence motifs, named type I and type II. Type I motifs are homologous to members of the fibronectin type 3 (Fn3) superfamily, one of the motifs most widespread in modular proteins. Fn3 domains are thought to mediate protein-protein interactions and to act as spacers. In titin, Fn3 modules are present in two different super-repeated patterns, likely to be involved in sarcomere assembly through interactions with A-band proteins. Here, we discuss results from homology modelling the whole family of Fn3 domains in titin. Homology modelling is a powerful tool that will play an increasingly important role in the post-genomic era. It is particularly useful for extending experimental structure determinations of parts of multidomain proteins that contain multiple copies of the same motif. The 3D structures of a representative titin type I domain and of other extracellular Fn3 modules were used as a template to model the structures of the 132 copies in titin. The resulting models suggest residues that contribute to the fold stability and allow us to distinguish these from residues likely to have functional importance. In particular, analysis of the models and mapping of the consensus sequence onto the 3D structure suggest putative surfaces of interaction with other proteins. From the structures of isolated modules and the pattern of conservation in the multiple alignment of the whole titin Ig and Fn3 families, it is possible to address the question of how tandem modules are assembled. Our predictions can be validated experimentally. Copyright 2001 Academic Press. (literal)
Prodotto di
Autore CNR
Insieme di parole chiave

Incoming links:


Autore CNR di
Prodotto
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#rivistaDi
Insieme di parole chiave di
data.CNR.it