A tool based on Ligation Detection Reaction-Universal Array (LDR-UA) for the characterization of VTEC by identification of virulence-associated and serogroup-specific genes. (Articolo in rivista)

Type
Label
  • A tool based on Ligation Detection Reaction-Universal Array (LDR-UA) for the characterization of VTEC by identification of virulence-associated and serogroup-specific genes. (Articolo in rivista) (literal)
Anno
  • 2011-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
Alternative label
  • Lauri A., Castiglioni B., Morabito S., Tozzoli R. ,Consolandi C., Mariani P. (2011)
    A tool based on Ligation Detection Reaction-Universal Array (LDR-UA) for the characterization of VTEC by identification of virulence-associated and serogroup-specific genes.
    in Molecular and cellular probes (Print)
    (literal)
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  • Lauri A., Castiglioni B., Morabito S., Tozzoli R. ,Consolandi C., Mariani P. (literal)
Pagina inizio
  • 35 (literal)
Pagina fine
  • 43 (literal)
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  • 25 (literal)
Rivista
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  • in stampa (literal)
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  • I batteri Escherichia coli verocitossiigenici (VTEC) sono agenti patogeni zoonotici, il cui serbatoio naturale è rappresentato dai ruminanti, in particolare dai bovini. Le infezioni sono prevalentemente dovute al consumo di alimenti di origine animale contaminati e poco cotti, al contatto con animali infetti o con l’ambiente contaminato. VTEC O157 è il sierotipo più frequentemente isolato dai casi di infezione nell’uomo, tuttavia, altri sierogruppi VTEC, come O26, O111, O145 e O103, sono stati descritti come causa di sindrome emolitica uremica (SEU) in tutto il mondo. La principale difficoltà nell’identificazione di VTEC è dovuta al fatto che i ceppi di E. coli VTEC sono morfologicamente indistinguibili da quelli innocui, in quanto la loro potenziale patogenicità non dipende strettamente dal sierotipo, ma si basa sulla presenza di un insieme di geni responsabili della virulenza. In questo lavoro è descritto lo sviluppo di uno strumento diagnostico per l’identificazione dei ceppi VTEC basato sull’utilizzo di DNA microarray che permettono l'identificazione simultanea dei fattori di virulenza e di altri geni associati al sierotipo patogeno VTEC. Il microarray indaga 40 siti polimorfici situati in 12 geni (sodCF1/F2, adfO, terB, ehxA, eae, vtx1, vtx2, ihp1, wzx, wbdI, rfbE, dnaK); la specificità e la sensibilità della metodica sono state valutate utilizzando una collezione di 67 ceppi di E. coli, sia VTEC che VT-negativo, insieme ad altri 25 isolati appartenenti a specie affini. I risultati di questo studio hanno mostrato come il microarray da noi messo a punto permette di individuare in modo preciso tutti i microrganismi target. Pertanto, esso può costituire un metodo alternativo, veloce e a basso costo, rispetto ai metodi molecolari attualmente utilizzati basati su saggi di Real-time PCR. (literal)
Note
  • ISI Web of Science (WOS) (literal)
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  • LA, MP – PTP, Lodi; CB - IBBA-CNR, Milano; TR – Istituto Superiore di Sanità, Roma; CC - ITB-CNR, Segrate (Mi), MS (literal)
Titolo
  • A tool based on Ligation Detection Reaction-Universal Array (LDR-UA) for the characterization of VTEC by identification of virulence-associated and serogroup-specific genes. (literal)
Abstract
  • Verocytoxigenic Escherichia coli (VTEC) are zoonotic pathogens whose natural reservoir is represented by ruminants, particularly cattle. Infections are mainly acquired by consumption of undercooked contaminated food of animal origin, contact with infected animals and contaminated environment. VTEC O157 is the most frequently isolated serogroup from cases of human disease, however, other VTEC serogroups, such as O26, O111, O145 and O103, are increasingly reported as causing Hemolytic Uremic Syndrome (HUS) worldwide. The identification of VTEC is troublesome, hindering the development of effective prevention strategies. In fact, VTEC are morphologically indistinguishable from harmless E. coli and their pathogenic potential is not strictly dependent on the serogroup, but relies on the presence of a collection of virulence genes. We developed a diagnostic tool for VTEC based on the Ligation Detection Reaction coupled to Universal Array (LDR-UA) for the simultaneous identification of virulence factors and serogroup-associated genes. The method includes the investigation of 40 sites located in 13 fragments from 12 genes (sodCF1/F2, adfO, terB, ehxA, eae, vtx1, vtx2, ihp1, wzx, wbdI, rfbE, dnaK) and was evaluated by performing a trial on a collection of 67 E. coli strains, both VTEC and VT-negative E. coli, as well as on 25 isolates belonging to other related species. Results of this study showed that the LDR-UA technique was specific in identifying the target microorganism. Moreover, due to its higher throughput, the LDR-UA can be a valid and cheaper alternative to real time PCR-based (rt-PCR) methods for VTEC identification. (literal)
Prodotto di
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