ORMA: a tool for identification of species-specific variations in 16S rRNA gene and oligonucleotides design (Articolo in rivista)

Type

• Prodotto della ricerca (Classe)
• Articolo in rivista (Classe)

Label

• ORMA: a tool for identification of species-specific variations in 16S rRNA gene and oligonucleotides design (Articolo in rivista) (literal)

Anno

• 2009-01-01T00:00:00+01:00 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#doi

• 10.1093/nar/gkp499 (literal)

Alternative label

• Marco Severgnini; Paola Cremonesi; Clarissa Consolandi, Giada Caredda, Gianluca De Bellis; Bianca Castiglioni (2009)
  ORMA: a tool for identification of species-specific variations in 16S rRNA gene and oligonucleotides design
  in Nucleic acids research; Oxford University Press, Oxford (Regno Unito)
  (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#autori

• Marco Severgnini; Paola Cremonesi; Clarissa Consolandi, Giada Caredda, Gianluca De Bellis; Bianca Castiglioni (literal)

Pagina inizio

• e109 (literal)

Pagina fine

• e109 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#altreInformazioni

• La rivista “Nucleic Acid Research” pubblica i risultati della ricerca d'avanguardia in fisica, chimica, biochimica e aspetti biologici degli acidi nucleici e delle proteine coinvolte nel metabolismo degli acidi nucleici e / o interazioni. L’Impact Factor di questa rivista è di 6.878. (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroVolume

• 37 (literal)

Rivista

• Nucleic acids research (Rivista)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#numeroFascicolo

• 16 (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#descrizioneSinteticaDelProdotto

• Pubblicazione scientifica riguardante lo creazione di un software per il disegno di sonde da utilizzare su chip a DNA sviluppati per l’identificazione di target batterici. (literal)

Note

• Google Scholar (literal)
• PubMe (literal)
• Scopus (literal)
• ISI Web of Science (WOS) (literal)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#affiliazioni

• Marco Severgnini, Clarissa Consolandi, Giada Caredda, Gianluca De Bellis - ITB-CNR, Segrate (Mi); Paola Cremonesi, Bianca Castiglioni - IBBA-CNR, Milano (literal)

Titolo

• ORMA: a tool for identification of species-specific variations in 16S rRNA gene and oligonucleotides design (literal)

Abstract

• 16S rRNA gene is one of the preferred targets for resolving species phylogenesis issues in microbiological- related contexts. However, the identification of single-nucleotide variations capable of distinguishing a sequence among a set of homologous ones can be problematic. Here we present ORMA (Oligonucleotide Retrieving for Molecular Applications), a set of scripts for discriminating positions search and for performing the selection of high-quality oligonucleotide probes to be used in molecular applications. Two assays based on Ligase Detection Reaction (LDR) are presented. First, a new set of probe pairs on cyanobacteria 16S rRNA sequences of 18 different species was compared to that of a previous study. Then, a set of LDR probe pairs for the discrimination of 13 pathogens contaminating bovine milk was evaluated. The software determined more than 100 candidate probe pairs per dataset, from more than 300 16S rRNA sequences, in less than 5 min. Results demonstrated how ORMA improved the performance of the LDR assay on cyanobacteria, correctly identifying 12 out of 14 samples, and allowed the perfect discrimination among the 13 milk pathogenic-related species. ORMA represents a significant improvement from other contexts where enzyme-based techniques have been employed on already known mutations of a single base or on entire subsequences. (literal)

Editore

• Oxford University Press (Editore)

Prodotto di

• Institute of agricultural biology and biotechnology (IBBA) (Istituto)
• Conservazione delle risorse genetiche animali e valorizzazione delle loro produzioni (AG.P01.020.001) (Modulo)
• Tecnologie ad Array e di sequenziamento massivo (PM.P06.009.001) (Modulo)

Autore CNR

• BIANCA MARIA ELISABETTA CASTIGLIONI (Unità di personale interno)
• CLARISSA CONSOLANDI (Persona)
• GIANLUCA DE BELLIS (Persona)
• PAOLA CREMONESI (Unità di personale esterno)
• MARCO SEVERGNINI (Unità di personale interno)
• GIADA CAREDDA (Persona)

Insieme di parole chiave

• Keywords of "ORMA: a tool for identification of species-specific variations in 16S rRNA gene and oligonucleotides design" (Insieme di parole chiave)

Incoming links:

Prodotto

• Institute of agricultural biology and biotechnology (IBBA) (Istituto)
• Tecnologie ad Array e di sequenziamento massivo (PM.P06.009.001) (Modulo)
• Conservazione delle risorse genetiche animali e valorizzazione delle loro produzioni (AG.P01.020.001) (Modulo)

Autore CNR di

• CLARISSA CONSOLANDI (Persona)
• BIANCA MARIA ELISABETTA CASTIGLIONI (Unità di personale interno)
• GIANLUCA DE BELLIS (Persona)
• MARCO SEVERGNINI (Unità di personale interno)
• PAOLA CREMONESI (Unità di personale esterno)
• GIADA CAREDDA (Persona)

Http://www.cnr.it/ontology/cnr/pubblicazioni.owl#rivistaDi

• Nucleic acids research (Rivista)

Editore di

• Oxford University Press (Editore)

Insieme di parole chiave di

• Keywords of "ORMA: a tool for identification of species-specific variations in 16S rRNA gene and oligonucleotides design" (Insieme di parole chiave)