MD.P06.026.001 Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.002)
- Type
- Modulo (Classe)
- Label
- MD.P06.026.001 Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.002) (literal)
- Prodotto
- Role of the Subunit Interactions in the Conformational Transitions in Adult Human Hemoglobin: An Explicit Solvent Molecular Dynamics Study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Ru[(bpy)(2)(dppz)](2+) and Rh[(bpy)(2)(chrysi)](3+) Targeting Double Strand DNA: The Shape of the Intercalating Ligand Tunes the Free Energy Landscape of Deintercalation (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Entanglement and knotting of DNA in viral capsids: a coarse-grained approach (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- Structural and Dynamical Properties of Monoclonal Antibodies Immobilized on CNTs: A Computational Study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- First-Principles Modeling of Biological Systems and Structure-Based Drug-Design (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Detecting DNA Mismatches with Metallo-Insertors: A Molecular Simulation Study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Structural Role of Uracil DNA Glycosylase for the Recognition of Uracil in DNA Duplexes. Clues from Atomistic Simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Simulations of DNA knotting in viral capsids (Comunicazione a convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1303)
- Dynamics based alignment of enzymatic superfamilies (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- Entanglement and knotting of DNA in viral capsids: a coarse-grained approach (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- Coarse-grained approach to biopolymers' conformational and dynamical properties (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- Dynamics based alignment of enzymatic superfamilies (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- Simulations of knotting in confined circular DNA (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- Sodium-Galactose Transporter: The First Steps of the Transport Mechanism Investigated by Molecular Dynamics (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- On the active site of mononuclear B1 metallo beta-lactamases: a computational study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Structural and Dynamic Properties of Monoclonal Antibodies Immobilized on CNTs: A Computational Study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Knotting of linear DNA in nano-slits and nano-channels: a numerical study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Nonkinetic Modeling of the Mechanical Unfolding of Multimodular Proteins: Theory and Experiments (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Metadynamics Simulations Reveal a Na+ Independent Exiting Path of Galactose for the Inward-Facing Conformation of vSGLT (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- The Structural Role of Mg2+ Ions in a Class I RNA Polymerase Ribozyme: A Molecular Simulation Study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Theoretical Studies of Homogeneous Catalysts Mimicking Nitrogenase (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- The Role of Non-native Interactions in the Folding of Knotted Proteins (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Knotting and metric scaling properties of DNA confined in nano-channels: a Monte Carlo study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Topological jamming of spontaneously knotted polyelectrolyte chains driven through a nanopore (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- McGenus: a Monte Carlo algorithm to predict RNA secondary structures with pseudoknots (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Polymers with spatial or topological constraints: theoretical and computational results (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Hybridization in Nanostructured DNA Monolayers Probed by AFM: Theory Versus Experiment (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Numerical study of linear and circular model DNA chains confined in a slit: metric and topological properties (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Ab initio complex band structure of conjugated polymers: Effects of hydrid density functional theory and GW schemes (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- On the Zwitterionic Nature of Gas-Phase Peptides and Protein Ions (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Parallel Synthesis, Evaluation, and Preliminary Structure-Activity Relationship of 2,5-Diamino-1,4-benzoquinones as a Novel Class of Bivalent Anti-Prion Compound (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Insights into the Binding of Phenyltiocarbamide (PTC) Agonist to Its Target Human TAS2R38 Bitter Receptor (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Bioinorganic Chemistry of Parkinson's Disease: Structural Determinants for the Copper-Mediated Amyloid Formation of Alpha-Synuclein (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Folding Pathways of a Knotted Protein with a Realistic Atomistic Force Field (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Atomistic-Level Portrayal of Drug-DNA Interplay: A History of Courtships and Meetings Revealed by Molecular Simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- A Candidate Ion-Retaining State in the Inward-Facing Conformation of Sodium/Galactose Symporter: Clues from Atomistic Simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Functionalized Fe-Filled Multiwalled Carbon Nanotubes as Multifunctional Scaffolds for Magnetization of Cancer Cells (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Computational Study of the DNA-Binding Protein Helicobacter pylori NikR: The Role of Ni2+ (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Hydrogen Bonding Cooperativity in polyQ beta-Sheets from First Principle Calculations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- SiO2 in density functional theory and beyond (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Bridging the atomic and coarse-grained descriptions of collective motions in proteins (Contributo in volume (capitolo o saggio)) (Prodotto della ricerca)
- Molecular Dynamics in Physiological Solutions: Force Fields, Alkali Metal Ions, and Ionic Strength (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Spectroscopic Properties of Formaldehyde in Aqueous Solution: Insights from Car-Parrinello and TDDFT/CASPT2 Calculations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Codice
- MD.P06.026.002 (literal)
- Anno di chiusura previsto
- 2014-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
- Istituto esecutore
- Institute of materials (IOM) (Istituto)
- Primo anno di attività
- 2010-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
- Abstract
- L'attività di ricerca di questa commessa si rivolge allo studio del meccanismi molecolari di processi biologici tra cui quelli coinvolti nell'insorgere di malattie umane. Tra questi si possono elencare il meccanismo di riparazione del DNA da parte di enzimi riparatori, lo studio di molecole diagnostiche e antitumorali e della loro interazione con il DNA. Parte dell'attivita' di ricerca e' rivolta allo studio del meccanismo di azione di enzimi metallici. Un altro tema di ricerca riguarda lo sviluppo e l'applicazione di metodi di campionamento avanzato per lo studio del folding di proteine sempre più grandi del folding di filamenti di RNA e interazione proteina-proteina. Ci si concentra infine allo studio della relazione struttura funzione delle proteine e delle fasi dense di sistemi biopolimerici. Gli studi sopra indicati sono svolti con l'utilizzo di tecniche di simulazione di dinamica molecolare classica, ab initio, mista QM/MM, tecniche di 'coarse grain' e bioinformatica. Queste attività di ricerca sono svolte in collaborazione con gruppi sperimentali fra i più importanti esperti mondiali negli argomenti di ricerca sopra indicate. (literal)
- Nome
- MD.P06.026.001 Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (literal)
- Descrizione
- Descrizione del modulo "MD.P06.026.001 Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.002)" (Descrizione modulo)
- Descrizione dello stato di avanzamento delle attività del modulo "MD.P06.026.001 Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.002)" (Descrizione stato avanzamento attività)
- Descrizione collaborazioni del modulo "MD.P06.026.001 Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.002)" (Descrizione collaborazioni)
- Modulo di
- Gestore
- ALESSANDRA MAGISTRATO (Persona)
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- Istituto esecutore di
- Institute of materials (IOM) (Istituto)
- Modulo
- Gestore di
- ALESSANDRA MAGISTRATO (Persona)
- Descrizione di
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- Descrizione collaborazioni del modulo "MD.P06.026.001 Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.002)" (Descrizione collaborazioni)
- Prodotto di
- Computational Study of the DNA-Binding Protein Helicobacter pylori NikR: The Role of Ni2+ (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Hydrogen Bonding Cooperativity in polyQ beta-Sheets from First Principle Calculations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Spectroscopic Properties of Formaldehyde in Aqueous Solution: Insights from Car-Parrinello and TDDFT/CASPT2 Calculations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Molecular Dynamics in Physiological Solutions: Force Fields, Alkali Metal Ions, and Ionic Strength (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- On the Zwitterionic Nature of Gas-Phase Peptides and Protein Ions (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Bioinorganic Chemistry of Parkinson's Disease: Structural Determinants for the Copper-Mediated Amyloid Formation of Alpha-Synuclein (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Parallel Synthesis, Evaluation, and Preliminary Structure-Activity Relationship of 2,5-Diamino-1,4-benzoquinones as a Novel Class of Bivalent Anti-Prion Compound (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Insights into the Binding of Phenyltiocarbamide (PTC) Agonist to Its Target Human TAS2R38 Bitter Receptor (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Simulations of DNA knotting in viral capsids (Comunicazione a convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1303)
- Dynamics based alignment of enzymatic superfamilies (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- Dynamics based alignment of enzymatic superfamilies (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- Simulations of knotting in confined circular DNA (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- Entanglement and knotting of DNA in viral capsids: a coarse-grained approach (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- Coarse-grained approach to biopolymers' conformational and dynamical properties (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
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- The Structural Role of Mg2+ Ions in a Class I RNA Polymerase Ribozyme: A Molecular Simulation Study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Theoretical Studies of Homogeneous Catalysts Mimicking Nitrogenase (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Polymers with spatial or topological constraints: theoretical and computational results (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Hybridization in Nanostructured DNA Monolayers Probed by AFM: Theory Versus Experiment (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Numerical study of linear and circular model DNA chains confined in a slit: metric and topological properties (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- The Role of Non-native Interactions in the Folding of Knotted Proteins (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Knotting and metric scaling properties of DNA confined in nano-channels: a Monte Carlo study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Topological jamming of spontaneously knotted polyelectrolyte chains driven through a nanopore (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- McGenus: a Monte Carlo algorithm to predict RNA secondary structures with pseudoknots (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- A Candidate Ion-Retaining State in the Inward-Facing Conformation of Sodium/Galactose Symporter: Clues from Atomistic Simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Functionalized Fe-Filled Multiwalled Carbon Nanotubes as Multifunctional Scaffolds for Magnetization of Cancer Cells (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- First-Principles Modeling of Biological Systems and Structure-Based Drug-Design (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Atomistic-Level Portrayal of Drug-DNA Interplay: A History of Courtships and Meetings Revealed by Molecular Simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Sodium-Galactose Transporter: The First Steps of the Transport Mechanism Investigated by Molecular Dynamics (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Metadynamics Simulations Reveal a Na+ Independent Exiting Path of Galactose for the Inward-Facing Conformation of vSGLT (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Knotting of linear DNA in nano-slits and nano-channels: a numerical study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Structural and Dynamic Properties of Monoclonal Antibodies Immobilized on CNTs: A Computational Study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
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- Ru[(bpy)(2)(dppz)](2+) and Rh[(bpy)(2)(chrysi)](3+) Targeting Double Strand DNA: The Shape of the Intercalating Ligand Tunes the Free Energy Landscape of Deintercalation (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
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- Role of the Subunit Interactions in the Conformational Transitions in Adult Human Hemoglobin: An Explicit Solvent Molecular Dynamics Study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Folding Pathways of a Knotted Protein with a Realistic Atomistic Force Field (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Structural Role of Uracil DNA Glycosylase for the Recognition of Uracil in DNA Duplexes. Clues from Atomistic Simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Nonkinetic Modeling of the Mechanical Unfolding of Multimodular Proteins: Theory and Experiments (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
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