Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.001)
- Type
- Modulo (Classe)
- Label
- Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.001) (literal)
- Prodotto
- Entropy-driven genome organization (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Structural models of human big conductance calcium- and voltage-gated potassium channels (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Computational study of the phosphoryl transfer catalyzed by a cyclin-dependent kinase (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Inferring the effective thickness of polyelectrolytes from stretching measurements at various ionic strengths: applications to DNA and RNA (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Structure and Raman spectrum of clavulanic acid in aqueous solution (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Catabolite activator protein in aqueous solution: A molecular simulation study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Ligand specificity of odorant receptors (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Partially folded states of HIV-1 protease: Molecular dynamics simulations and ligand binding (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Protein folding simulations: combining coarse-grained models and all-atom molecular dynamics (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Enantioselective palladium-catalyzed hydrosilylation of styrene: Influence of electronic and steric effects on enantioselectivity and catalyst design via hybrid QM/MM molecular dynamics simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- 2-amino-1-propanol versus 1-amino-2-propanol: Valence band and C 1s core-level photoelectron spectra (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Binding of novel azole-bridged dinuclear platinum(II) anticancer drugs to DNA: Insights from hybrid QM/MM molecular dynamics simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Structure and function of vanadium haloperoxidases (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Photoabsorption and photoionization dynamics study of silicon tetrafluoride in the framework of time-dependent density-functional theory (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Photoionization cross section and angular distribution calculations of carbon tetrafluoride (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Knotting of random ring polymers in confined spaces (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Using metadynamics to understand the mechanism of calmodulin/target recognition at atomic detail (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Target-related applications of first principles quantum chemical methods in drug design (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Role of protein frame and solvent for the redox properties of azurin from Pseudomonas aeruginosa (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Insights on HIV-1 Tat : P/CAF bromodomain molecular recognition from in vivo experiments and molecular dynamics simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Molecular dynamics simulations of outer-membrane protease T from E-coli based on a hybrid coarse-grained/atomistic potential (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- X-ray absorption spectroscopy of titanium oxide by time dependent density functional calculations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Depletion effects and loop formation in self-avoiding polymers (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Anharmonicity and self-similarity of the free energy landscape of protein G (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Protonation state and substrate binding to B2 metallo-beta-lactamase CphA from Aeromonas hydrofila (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Understanding anticancer Drug-DNA interactions via molecular dynamics simulations (Abstract in rivista) (Prodotto della ricerca)
- On the nature of the reaction intermediate in the HIV-1 protease: a quantum chemical study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Topologically based multipolar reconstruction of electrostatic interactions in multiscale simulations of proteins (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Master equation approach to the assembly of viral capsids (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Classical and quantum chemical studies of copper phenanthroline complexes binding the DNA (Abstract in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Azole-bridged diplatinum anticancer compounds. Modulating DNA flexibility to escape repair mechanism and avoid cross resistance (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Azole-bridged diplatinum anticancer drugs: Escaping repair mechanism and avoiding cross-resistance by modulating DNA-flexibility (Abstract in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Efficient reconstruction of complex free energy landscapes by multiple walkers metadynamics (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- CO escape from myoglobin with metadynamics simulations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Facilitated permeation of antibiotics across membrane channels - Interaction of the quinolone moxifloxacin with the OmpF channel (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Physical Insights into Permeation of and Resistance to Antibiotics in Bacteria (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Evidences of Xenon-Induced Structural Changes in the Active Site of Cyano-MetMyoglobins: A H-1 NMR Study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- HIV-1 integrase-DNA interactions investigated by molecular modelling (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Binding of phosphinate and phosphonate inhibitors to aspartic proteases: A first-principles study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Time dependent density functional study of the photoionization dynamics of SF6 (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- CAMP modulation of the cytoplasmic domain in the HCN2 channel investigated by molecular simulations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Conformational effects on circular dichroism in the photoelectron angular distribution (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Molecular simulation of the binding of nerve growth factor peptide mimics to the receptor tyrosine kinase A (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Time dependent density functional investigation of the near-edge absorption spectra of V2O5 (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Anthramycin-DNA binding explored by molecular simulations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Ligand specificity of odorant receptors (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Anthrax Lethal Factor Investigated by Molecular Simulations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Sliding of alkylating anticancer drugs along the minor groove of DNA: New insights on sequence selectivity (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Peptide aptamers targeting mutant p53 induce apoptosis in tumor cells (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Are structural biases at protein termini a signature of vectorial folding? (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Triggering dynamics of the high-pressure benzene amorphization (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Parameterization of azole-bridged dinuclear platinum anticancer drugs via a QM/MM force matching procedure (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- On the oligomeric state of DJ-1 protein and its mutants associated with Parkinson disease - A combined computational and in vitro study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Origin of functional diversity among tetrameric voltage-gated channels (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Spinodal of supercooled polarizable water (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Simulations of knotting in confined circular DNA (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Optimal Langevin modeling of out-of-equilibrium molecular dynamics simulations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Deuterium isotope effects in A : T and A : U base pairs: A computational NMR study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Modeling anticancer drug-DNA interactions via mixed QM/MM molecular dynamics simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- A novel parametrization scheme for classical and quantum mechanical simulations of large, floppy molecular systems (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Structure-function relationship in a variant hemoglobin: A combined computational-experimental approach (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- DFT modeling of biological systems (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Polarization effects and charge transfer in the KcsA potassium channel (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Dissociation of minor groove binders from DNA: insights from metadynamics simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Structural Properties of Polyglutamine Aggregates Investigated via Molecular Dynamics Simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Second step of hydrolytic dehalogenation in haloalkane dehalogenase investigated by QM/MM methods (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Correspondences between low-energy modes in enzymes: Dynamics-based alignment of enzymatic functional families (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Small- and Large-Scale Conformational Changes of Adenylate Kinase: A Molecular Dynamics Study of the Subdomain Motion and Mechanics (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Interaction between the DNA model base 9-ethylguanine and a group of ruthenium polypyridyl complexes: Kinetics and conformational temperature dependence (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Nitrogen fixation by a molybdenum catalyst mimicking the function of the nitrogenase enzyme: A critical evaluation of DFT and solvent effects (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Density functional theory studies on copper phenanthroline complexes (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Asymmetrical twin cantilevers for single molecule detection (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Insights into the role of odorant-binding proteins from metadynamics simulations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Investigating biological systems using first principles Car-Parrinello molecular dynamics simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Structural and dynamical alignment of enzymes with partial structural similarity (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Large-scale motions and electrostatic properties of furin and HIV-1 protease (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Essential dynamics of helices provide a functional classification of EF-hand proteins (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- TDDFT calculations of NEXAFS spectra of model systems for SO2 adsorbed on the MgO(100) surface (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Mechanical stabilization effect of water on a membrane-like system (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Knotting of random ring polymers in confined spaces (vol 124, pg 064903, 2006) (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Twin cantilevers with a nanogap for single molecule experimentation (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Convergent dynamics in the protease enzymatic superfamily (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Molecular Dissection of Human Oncostatin M-Mediated Signal Transductions Through Site-Directed Mutagenesis (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Microseconds dynamics simulations of the outer-membrane protease T (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Optical excitations of gold nanoparticles: A quantum chemical scalar relativistic time dependent density functional study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Extensive study on the C 1s photoionization of CS2 molecules by multi-coincidence velocity-map imaging spectrometry (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Recent advances in molecular photoionization by density functional theory based approaches (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Antibiotics translocation through porins: an MD study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- New approach for a complete experiment: C1s photoionization in CO2 molecules (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Site-specific photoemission dynamics of N2O molecules probed by fixed-molecule core-level photoelectron angular distributions (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Codice
- MD.P06.026.001 (literal)
- Anno di chiusura previsto
- 2008-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
- Istituto esecutore
- Scientific Responsibility Centre INFM (INFM) (Istituto)
- Primo anno di attività
- 2006-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
- Abstract
- L'attivita' di ricerca di questa commessa si rivolge principalmente allo studio delle interazioni fra farmaci antitumorali contenenti metalli di transizione e i loro target biologici (DNA e proteine). Recentemente ci siamo anche concentrati nello studio del trasporto di ioni metallici quali il rame e il platino, da proteine di membrana. Un'altra linea di ricerca e' rivolta allo studio del del meccanismo di azione di enzimi metallici (i.e. le metallo-beta-lattamasi. Infine, particolare attenzione e' rivolta allo studio del meccanismo e al design di inibitori di malattie neurodegenerative come il morbo di Parkinson, di Huntington e di Creuzfeld Jacob. Gli studi sopra indicati sono svolti con l'utilizzo di tecniche di simulazione di dinamica molecolare classica, ab initio e mista QM/MM, tecniche di 'coarse grain' and tecniche miste di meccanica molecolare e coarse grain (CG/MM). I risulati delle simulazioni vengono validati e generalizzati con tecniche di bioinformatica. Queste attivita' di ricerca sono svolte in collaborazione con gruppi sperimentali fra i piu' importanti esperti mondiali negli argomenti di ricerca sopra indicate. (literal)
- Nome
- Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (literal)
- Descrizione
- Descrizione del modulo "Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.001)" (Descrizione modulo)
- Descrizione dello stato di avanzamento delle attività del modulo "Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.001)" (Descrizione stato avanzamento attività)
- Descrizione collaborazioni del modulo "Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.001)" (Descrizione collaborazioni)
- Modulo di
- Gestore
- ALESSANDRA MAGISTRATO (Persona)
Incoming links:
- Istituto esecutore di
- Scientific Responsibility Centre INFM (INFM) (Istituto)
- Modulo
- Gestore di
- ALESSANDRA MAGISTRATO (Persona)
- Descrizione di
- Descrizione del modulo "Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.001)" (Descrizione modulo)
- Descrizione dello stato di avanzamento delle attività del modulo "Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.001)" (Descrizione stato avanzamento attività)
- Descrizione collaborazioni del modulo "Modelizzazione molecolare di sistemi biologici (MD.P06.026.001)" (Descrizione collaborazioni)
- Prodotto di
- Anthramycin-DNA binding explored by molecular simulations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Ligand specificity of odorant receptors (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Time dependent density functional investigation of the near-edge absorption spectra of V2O5 (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Molecular simulation of the binding of nerve growth factor peptide mimics to the receptor tyrosine kinase A (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- CAMP modulation of the cytoplasmic domain in the HCN2 channel investigated by molecular simulations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Conformational effects on circular dichroism in the photoelectron angular distribution (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Time dependent density functional study of the photoionization dynamics of SF6 (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Binding of phosphinate and phosphonate inhibitors to aspartic proteases: A first-principles study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Master equation approach to the assembly of viral capsids (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Knotting of random ring polymers in confined spaces (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Azole-bridged diplatinum anticancer drugs: Escaping repair mechanism and avoiding cross-resistance by modulating DNA-flexibility (Abstract in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Classical and quantum chemical studies of copper phenanthroline complexes binding the DNA (Abstract in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Azole-bridged diplatinum anticancer compounds. Modulating DNA flexibility to escape repair mechanism and avoid cross resistance (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Recent advances in molecular photoionization by density functional theory based approaches (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Optical excitations of gold nanoparticles: A quantum chemical scalar relativistic time dependent density functional study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Extensive study on the C 1s photoionization of CS2 molecules by multi-coincidence velocity-map imaging spectrometry (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Structural models of human big conductance calcium- and voltage-gated potassium channels (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Computational study of the phosphoryl transfer catalyzed by a cyclin-dependent kinase (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- On the nature of the reaction intermediate in the HIV-1 protease: a quantum chemical study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Topologically based multipolar reconstruction of electrostatic interactions in multiscale simulations of proteins (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Polarization effects and charge transfer in the KcsA potassium channel (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Structure-function relationship in a variant hemoglobin: A combined computational-experimental approach (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- DFT modeling of biological systems (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- A novel parametrization scheme for classical and quantum mechanical simulations of large, floppy molecular systems (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Modeling anticancer drug-DNA interactions via mixed QM/MM molecular dynamics simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Deuterium isotope effects in A : T and A : U base pairs: A computational NMR study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Molecular dynamics simulations of outer-membrane protease T from E-coli based on a hybrid coarse-grained/atomistic potential (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- X-ray absorption spectroscopy of titanium oxide by time dependent density functional calculations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Insights on HIV-1 Tat : P/CAF bromodomain molecular recognition from in vivo experiments and molecular dynamics simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Twin cantilevers with a nanogap for single molecule experimentation (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Asymmetrical twin cantilevers for single molecule detection (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Density functional theory studies on copper phenanthroline complexes (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Interaction between the DNA model base 9-ethylguanine and a group of ruthenium polypyridyl complexes: Kinetics and conformational temperature dependence (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Nitrogen fixation by a molybdenum catalyst mimicking the function of the nitrogenase enzyme: A critical evaluation of DFT and solvent effects (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Triggering dynamics of the high-pressure benzene amorphization (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- TDDFT calculations of NEXAFS spectra of model systems for SO2 adsorbed on the MgO(100) surface (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Structural and dynamical alignment of enzymes with partial structural similarity (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Large-scale motions and electrostatic properties of furin and HIV-1 protease (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Essential dynamics of helices provide a functional classification of EF-hand proteins (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Investigating biological systems using first principles Car-Parrinello molecular dynamics simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Spinodal of supercooled polarizable water (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- On the oligomeric state of DJ-1 protein and its mutants associated with Parkinson disease - A combined computational and in vitro study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Origin of functional diversity among tetrameric voltage-gated channels (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Peptide aptamers targeting mutant p53 induce apoptosis in tumor cells (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Role of protein frame and solvent for the redox properties of azurin from Pseudomonas aeruginosa (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Target-related applications of first principles quantum chemical methods in drug design (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Using metadynamics to understand the mechanism of calmodulin/target recognition at atomic detail (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Photoionization cross section and angular distribution calculations of carbon tetrafluoride (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Photoabsorption and photoionization dynamics study of silicon tetrafluoride in the framework of time-dependent density-functional theory (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Binding of novel azole-bridged dinuclear platinum(II) anticancer drugs to DNA: Insights from hybrid QM/MM molecular dynamics simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Structure and function of vanadium haloperoxidases (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Enantioselective palladium-catalyzed hydrosilylation of styrene: Influence of electronic and steric effects on enantioselectivity and catalyst design via hybrid QM/MM molecular dynamics simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Depletion effects and loop formation in self-avoiding polymers (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Convergent dynamics in the protease enzymatic superfamily (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Knotting of random ring polymers in confined spaces (vol 124, pg 064903, 2006) (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Inferring the effective thickness of polyelectrolytes from stretching measurements at various ionic strengths: applications to DNA and RNA (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Entropy-driven genome organization (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Efficient reconstruction of complex free energy landscapes by multiple walkers metadynamics (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Are structural biases at protein termini a signature of vectorial folding? (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Understanding anticancer Drug-DNA interactions via molecular dynamics simulations (Abstract in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Protonation state and substrate binding to B2 metallo-beta-lactamase CphA from Aeromonas hydrofila (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- New approach for a complete experiment: C1s photoionization in CO2 molecules (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Site-specific photoemission dynamics of N2O molecules probed by fixed-molecule core-level photoelectron angular distributions (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Antibiotics translocation through porins: an MD study (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Mechanical stabilization effect of water on a membrane-like system (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Insights into the role of odorant-binding proteins from metadynamics simulations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Structure and Raman spectrum of clavulanic acid in aqueous solution (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Catabolite activator protein in aqueous solution: A molecular simulation study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Ligand specificity of odorant receptors (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Molecular Dissection of Human Oncostatin M-Mediated Signal Transductions Through Site-Directed Mutagenesis (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Microseconds dynamics simulations of the outer-membrane protease T (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Correspondences between low-energy modes in enzymes: Dynamics-based alignment of enzymatic functional families (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Small- and Large-Scale Conformational Changes of Adenylate Kinase: A Molecular Dynamics Study of the Subdomain Motion and Mechanics (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Parameterization of azole-bridged dinuclear platinum anticancer drugs via a QM/MM force matching procedure (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- CO escape from myoglobin with metadynamics simulations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Facilitated permeation of antibiotics across membrane channels - Interaction of the quinolone moxifloxacin with the OmpF channel (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Physical Insights into Permeation of and Resistance to Antibiotics in Bacteria (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Evidences of Xenon-Induced Structural Changes in the Active Site of Cyano-MetMyoglobins: A H-1 NMR Study (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Optimal Langevin modeling of out-of-equilibrium molecular dynamics simulations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Dissociation of minor groove binders from DNA: insights from metadynamics simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Structural Properties of Polyglutamine Aggregates Investigated via Molecular Dynamics Simulations (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Second step of hydrolytic dehalogenation in haloalkane dehalogenase investigated by QM/MM methods (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Simulations of knotting in confined circular DNA (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Anthrax Lethal Factor Investigated by Molecular Simulations (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Sliding of alkylating anticancer drugs along the minor groove of DNA: New insights on sequence selectivity (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- HIV-1 integrase-DNA interactions investigated by molecular modelling (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Partially folded states of HIV-1 protease: Molecular dynamics simulations and ligand binding (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Protein folding simulations: combining coarse-grained models and all-atom molecular dynamics (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- 2-amino-1-propanol versus 1-amino-2-propanol: Valence band and C 1s core-level photoelectron spectra (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Anharmonicity and self-similarity of the free energy landscape of protein G (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID226723
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID226734
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID226704
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID226728
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID226703
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID226706
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID226725
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID226727
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID225855
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID225871
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID176311
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID175822
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID175824
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID226578
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID226577
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID175827
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID225823
- http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/ID234181