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Bioinformatica per la Genomica Funzionale e Comparata (SV.P18.004.001)
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- Bioinformatica per la Genomica Funzionale e Comparata (SV.P18.004.001) (literal)
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- GeneUp: A program to select short PCR primer pairs that occur in multiple members of sequence lists (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- DNAfan: a software tool for automated extraction and analysis of user-defined sequence regions (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- The untranslated regions of eukaryotic mRNAs: structure, function, evolution and bioinformatic tools for their analysis. (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Analysis of oligonucleotide AUG start codon context in eukariotic mRNAs (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Genome-wide identification of coding and non-coding conserved sequence tags in human and mouse genomes (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- ASPicDB: A database resource for alternative splicing analysis (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- The transcriptional landscape of the mammalian genome (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Mining Frequent Pattern of Biological Spaced Motifs. (Contributo in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1301)
- TOWARDS BARCODE MARKERS IN FUNGI: AN INTRON MAP OF ASCOMYCOTA MITOCHONDRIA (Abstract/Poster in convegno) (Prodotto della ricerca)
- UTRdb and UTRsite: specialized databases of sequences and functional elements of 5' and 3' untranslated regions of eukaryotic mrnas. Update 2002 (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Comparison of the oxidative phosphorylation (OXPHOS) nuclear genes in the genomes of Drosophila melanogaster, Drosophila pseudoobscura and Anopheles gambiae (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Characterization of nonynous sequences produced in the Human Genome project (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- MitBASE : a comprehensive and integrated mitochondrial DNA database. The present status. (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- ComiRNet: a database of predicted miRNA:mRNA interactions and regulatory networks (Abstract/Comunicazione in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- nc-aReNA: an integrated bioinformatics platform for non-coding RNA-seq data classification and annotation (Abstract/Comunicazione in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Computational identification of protein coding potential of conserved sequence tags through cross-species evolutionary analysis (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- A novel biclustering algorithm for the discovery of meaningful biological correlations between miRNAs and mRNAs (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- HOCCLUS2 (Software) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1710)
- Structural and functional features of eukaryotic mRNA untranslated regions (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- A novel biclustering algorithm for the discovery of meaningful biological correlations between microRNAs and their target genes (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Report of the EMBnet AGM 2011 Workshop (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- UTRdb: a specialized database of 5 '- and 3 '-untranslated regions of eukaryotic mRNAs (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Databases of mRNA untranslated regions for metazoa (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- CLEANUP: A fast computer program for removing redundancies from nucleotide sequence databases (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- SIMD PARALLELIZATION OF THE WORDUP ALGORITHM FOR DETECTING STATISTICALLY SIGNIFICANT PATTERNS IN DNA-SEQUENCES (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- MERGE - A SOFTWARE PACKAGE FOR GENERATING A SINGLE DATA-BASE STARTING FROM EMBL AND GENBANK COLLECTIONS (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- The 20th anniversary of EMBnet: 20 years of bioinformatics for the Life Sciences community. (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- The fatty acid synthase is a new p53 family target gene conserved from worm to human (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- An example of an Integrated Bioinformatic System to support detection/quantification of GMOs (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- The NonCode aReNA DB: a non-redundant and integrated collection of non-coding RNAs (Abstract/Poster in convegno) (Prodotto della ricerca)
- p53FamTaG : a public resource which integrates genome-wide in silico and experimental analyses of p53 family direct target genes (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Mining Spatial Association Rules for Composite Motif Discovery (Contributo in volume (capitolo o saggio)) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1201)
- Regularized least squares cancer classifiers from DNA microarray data (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- The LIBI Grid Platform for Bioinformatics (Contributo in volume (capitolo o saggio)) (Prodotto della ricerca)
- Discovery of miRNA-Gene regulatory networks by using an integrative data-mining approach (Abstract/Poster in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1302)
- Gene analogue finder: a GRID solution for finding functionally analogous gene products. (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Untranslated regions of mRNAs (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- MitoRes: a resource of nuclear-encoded mitochondrial genes and their products in Metazoa (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- A new strategy to identify novel genes and gene isoforms: Analysis of human chromosomes 15, 21 and 22 (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- A collagenase-targeted multiplex PCR assay for identification of Vibrio alginolyticus, Vibrio cholerae, and Vibrio parahaemolyticus. (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- UTRdb and UTRsite: a collection of sequences and regulatory motifs of the untranslated regions of eukaryotic mRNAs. (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- EMBnet yesterday, today, tomorrow (Comunicazione a convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1303)
- Overview of BITS2005, the Second Annual Meeting of the Italian Bioinformatics Society (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- p53FamTaG database: a public resource which integrates genome-wide in silico and experimental analyses of p53 family direct target genes (Abstract/Poster in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1302)
- ASPicDB: A database resource for alternative splicing analysis. Bioinformatics. (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- MitoRes: a comprehensive resource of nuclear genes encoding for mitochondrial proteins in metazoa (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- MitoDrome2: a database of OXPHOS nuclear genes in Drosophila melanogaster, Drosophila pseudoobscura and Anopheles gambiae (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- A High Performance grid-web service framework for the identification of conserved sequence tags (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- EMBnet.news (Curatela) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1501)
- p53FamTaG: a database resource of human p53, p63 and p73 direct target genes combining in silico prediction and microarray data. (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- MitoDrome: a content manager system to manage and retrieve data on nuclear encoded mitochondrial proteins of D. melanogaster, D. pseudoobscura and A. gambiae (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Connecting p63 to cellular proliferation: the example of the adenosine deaminase target gene. (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- The MitoDrome database annotates and compares the OXPHOS nuclear genes of Drosophila melanogaster, Drosophila pseudoobscura and Anopheles gambiae (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Network reconstruction for the identification of miRNA:mRNA interaction networks (Comunicazione a convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1303)
- Computational annotation of UTR cis-regulatory modules through frequent pattern mining (Abstract in rivista) (Prodotto della ricerca)
- PatSearch: a program for the detection of patterns and structural motifs in nucleotide sequences (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- PDB-REDO: Automated re-refinement of X-ray structure models in the PDB (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Charting the NF-kappaB Pathway Interactome Map (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Artiodactyl emergence is accompanied by the birth of an extensive pool of diverse germline TRDV1 genes. (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Computational annotation of UTR cis-regulatory modules through Frequent Pattern Mining (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Statistical assessment of functional categories of genes deregulated in pathological conditions by using microarray data (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- La bioinformatica per le biotecnologie: il nodo italiano di EMBnet (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Structural and compositional features of untranslated regions of eukaryotic mRNAs (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- FASTPAT - A FAST AND EFFICIENT ALGORITHM FOR STRING SEARCHING IN DNA-SEQUENCES (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- WORDUP - AN EFFICIENT ALGORITHM FOR DISCOVERING STATISTICALLY SIGNIFICANT PATTERNS IN DNA-SEQUENCES Autori: (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Update of AMmtDB: a database of multi-aligned metazoa mitochondrial DNA sequences (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- UTRdb: a specialized database of 5 ' and 3 ' untranslated regions of eukaryotic mRNAs (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- The integration of microRNA target data by biclustering techniques opens new roads for signaling networks analysis (Contributo in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1301)
- A platform independent RNA-Seq protocol for the detection of transcriptome complexity (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- UTRminer (Banca dati) (Prodotto della ricerca)
- The mitBASE human dataset structure (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Italian EMBnet node: AGM2011 report (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- Hierarchical and Overlapping Co-Clustering of mRNA:miRNA Interactions. (Contributo in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1301)
- Evolution of nuclearly encoded mitochondrial genes in Metazoa (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- ASPicDB: a database of annotated transcript and protein variants generated by alternative splicing (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Analysis of Gene-microRNA Maps for Regulatory Network Discovery (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Network Reconstruction for the Identification of miRNA:mRNA Interaction Networks (Contributo in volume (capitolo o saggio)) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1201)
- Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny. (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- ComiRNet - The Database of Predicted miRNA Regulatory Networks (Banca dati) (Prodotto della ricerca)
- Tutorial on Grid Computing. Satellite event of the EMBnet Conference 2008 (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Selection of relevant genes in cancer diagnosis based on their prediction accuracy (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- News from EMBnet (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Analysis of UTRs from nuclear-encoded mRNA targeting the mitochondrion in Metazoa reveals new insights about molecular mechanisms controlling mitochondrial biogenesis (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- MitoRes and MitoDrome2: two comprehensive resources of nuclear genes encoding (Comunicazione a convegno) (Prodotto della ricerca)
- MitoRes: a bio-sequences resource of nuclearly encoded mitochondrial genes and products in metazoa (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Connecting p63 to cell proliferation: the example of the Adenosine Deaminase target gene (Abstract/Poster in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- Higher Order Mining of Biological Motifs (Contributo in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1301)
- Phylogenetic analyses of complete mitochondrial genome sequences suggest a basal divergence of the enigmatic rodent Anomalurus (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- p53 status of tumors: diagnostic, prognostic and therapeutic exploitation (Voce (in dizionario o enciclopedia)) (Prodotto della ricerca)
- DNAfan: a software tool for automated extraction and analysis of user-defined sequence regions. (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Data Management and Genome Wide Association Screening (Contributo in atti di convegno) (Prodotto della ricerca)
- EMBnet AGM 2014 - P&PR PC activity report: June 2013 - May 2014 (Rapporti di commissioni) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1720)
- GenoMiner: a tool for genome-wide search of coding and non-coding conserved sequence tags (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- The Fatty Acid Synthase Gene is a Conserved p53 Family Target from Worm to Human (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
- EMBnet, a brief history and a current picture (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- The MitoRes database (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- Strumenti Bioinformatici per interpretare fenomeni Biologici (Altre pubblicazioni) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1717)
- Internet resources for the functional analysis of 5 ' and 3 ' untranslated regions of eukaryotic mRNAs (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
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- UTRdb and UTRsite: specialized databases of sequences and functional elements of 5 ' and 3 ' untranslated regions of eukaryotic mRNAs (Articolo in rivista) (Prodotto della ricerca)
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- DETECTION OF LATENT SEQUENCE PERIODICITIES (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
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- The network for Biology: European Molecular Biology Network (EMBnet) (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- A new parallel algorithm for computation os statistically significant patterns in DNA sequences (Contributo in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1301)
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- Codice
- Anno di chiusura previsto
- 2010-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
- Istituto esecutore
- Primo anno di attività
- 2005-01-01T00:00:00+01:00 (literal)
- Abstract
- In questi anni abbiamo assistito ad un forte sviluppo dell'Information Technology in settori quali DNA Sequencing, DNA Microarray, High throughput screenings, Database e Software di analisi. Tale progresso ha prodotto un forte impulso nel settore della \"Life Science\" attraverso la produzione massiva di dati di Genomica, Trascrittomica, Proteomica. L'entità e l'eterogeneità dei dati prodotti ha generato l'esigenza di nuovi e più sofisticati strumenti per la gestione ed organizzazione dei dati e per la loro analisi funzionale. Gli obiettivi primari della presente commessa sono: i) sviluppo di procedure e strumenti per l'immagazzinamento, gestione e analisi massiva dei dati genomici e di espressione genica; ii) progettazione e sviluppo di nuovi strumenti bioinformatici per la risoluzione di problemi biologici complessi. L'ottimizzazione e la validazione degli strumenti bioinformatici si baserà anche sulla produzione di dati sperimentali che affronteranno in maniera mirata problematiche generali quali quelle inerenti gli studi di espressione genica, di genomica comparata e le analisi filogenetiche. (literal)
- Nome
- Bioinformatica per la Genomica Funzionale e Comparata (literal)
- Descrizione
- Modulo di
- Gestore
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- The network for Biology: European Molecular Biology Network (EMBnet) (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
- The mitBASE human dataset structure (Articolo in rivista) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1101)
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- Network Reconstruction for the Identification of miRNA:mRNA Interaction Networks (Contributo in volume (capitolo o saggio)) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1201)
- Discovery of miRNA-Gene regulatory networks by using an integrative data-mining approach (Abstract/Poster in atti di convegno) (http://www.cnr.it/ontology/cnr/individuo/prodotto/TIPO1302)
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