Institute of biomedical technologies (ITB)

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  • Institute of biomedical technologies (ITB) (literal)
  • Istituto di tecnologie biomediche (ITB) (literal)
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  • The Institute is unique at national level in having a high level of expertise in the comprehensive application of omics methodologies (proteomics, genomics and bioinformatics) to study genetic, epigenomic and environmentally-induced human diseases. Advanced proteomics technologies are used for complex protein systems analysis in cells, tissues and biological fluids. State of the art next generation sequencing is applied to study DNA and RNA in human diseases and in pathogens. Bioinformatics deals with the investigation of algorithms for genomic and transcriptomic analyses, high performance computational technologies for drug design and Systems Biology and for developing new models dedicated to the study of cell cycle. A major objective of the Institute is to advance novel technologies to identify mechanisms of disease and establish novel therapeutic strategies for clinical applications. In oncology in order to understand the mechanisms of conversion of normal stem cells into cancer stem cells, the genes and pathways that control self-renewal of stem cells are investigated using human stem cells, cancer stem cells, induced pluripotent cells and mesenchymal stem cells, and their use in regenerative medicine. In neurodegenerative diseases the pathogenic mechanisms and epidemiology of Alzheimer, Parkinson and Multiple Sclerosis are investigated; moreover the mechanisms of brain aging involved in pathogenesis of these diseases are also studied. The Institute is also engaged in bioethics and research integrity, with special focus on neuroethics and medical ethics. The Institute of Biomedical Technologies I.T.B. with its headquarters at the Interdisciplinary Laboratory of Biomedical Technologies L.I.T.A., Via F.lli Cervi, 93, Segrate Milan was created May 17th 2002. The Institute of Biomedical Technologies (ITB) is characterised by a multidisciplinary approach to issues of medical interest. Expertise and areas of interest include comparative genomics, molecular oncology and cancer stem cell research, immunology, genetic diseases, brain aging and neurodegenerative diseases, neuropharmacology. High-throughput technologies applied include proteomics, metabolomics, genome sequencing, and bioinformatic data analysis. Basic studies of gene regulation in cell division and stem cell development include comparative genomic analysis of mechanisms of alternative splicing and elements regulating cell cycle (Section of Bari) and identification of the role of developmental regulatory genes in hematopoietic and mesenchymal stem cell differentiation (Unit of Pisa). In the area of inflammatory and degenerative diseases, the ITB research groups are active in molecular/functional studies on Alzheimer’s disease (Section of Padova), brain ageing and Parkinson disease (Unit of Neurochemistry), and chronic inflammatory and autoimmune diseases (Unit of Pisa). Major results include the capacity of complexes of metals with amyloid proteins of inducing Alzheimer’s-associated markers; the dual neuroprotective and inflammatory role of neuromelanins in physiological (brain ageing) vs. pathological conditions (neurodegeneration in Parkinson); the creation of in vitro models of physiological inflammatory response to indentify autoimmunity-associated alterations and changes induced by metal nanoparticles. Disease-targeted studies with a substantial application of high-throughput technologies and genetic analysis are carried out in the oncological field (Unit of Molecular Oncology, Unit of Proteomics and Metabolomics), in the area of pathogenic bacteria and drug resistance (Unit of Genomic Analysis). Defining the molecular and genetic mechanisms of pathological derangements is the target of these investigations. The high-level contribution not only of high-throughput technologies but also of integrated bioinformatic and molecular modelling analysis (Section of Bari, Unit of BioICT) allows data integration and optimisation of information retrieval. Future perspectives for ITB will encompass a special effort to enhance integration. Indeed, the multiple approaches and wide geographical distribution of the ITB research groups ensure an exceptionally rich collection of different expertise and scientific knowledge but require a strong coordination for optimising integration. This will increase ITB competitiveness when worldwide funding for research is decreasing, competition is stronger, and “excellence” and “frontier research” are the keywords to success. (literal)
  • La ricerca dell’Istituto di Tecnologie Biomediche spicca nel panorama nazionale per una caratteristica unica, essendo focalizzata sullo sviluppo delle metodologie omiche (genomica, proteomica e bioinformatica) e sulla loro applicazione allo studio di malattie umane a base genetica, epigenomica e indotte dall’ambiente. L'attività di proteomica consiste nell'applicare metodi di spettrometria di massa allo studio dei sistemi proteici complessi in cellule, tessuti e liquidi biologici. La genomica applica procedure di sequenzialmente massivo allo studio del DNA e RNA nelle malattie dell’uomo e nei microrganismi patogeni . La Bioinformatica si occupa dello sviluppo di algoritmi per l’analisi genomica e trascrittomica e di tecnologie di calcolo avanzato per la progettazione di nuovi farmaci e per la System Biology, volta alla creazione di nuovi modelli dedicati allo studio del ciclo cellulare. L 'altra attività importante dell'Istituto riguarda lo studio dei meccanismi patogenici e delle strategie terapeutiche di malattie. Nell’oncologia per comprendere i meccanismi di conversione delle cellule staminali umane normali in tumorali si studiano i geni e i pathways che controllano l’autorinnovamento delle cellule staminali utilizzando cellule staminali normali e tumorali, cellule pluripotenti indotte e cellule staminali mesenchimali e il loro impiego in medicina rigenerativa. Nelle malattie neurodegenerative si studiano i meccanismi patogenici e l’epidemiologia di Alzheimer, Parkinson e Sclerosi Multipla; inoltre si indagano con attenzione ai meccanismi di invecchiamento cerebrale che sono alla base di queste malattie. L’Istituto conduce anche studi di bioetica ed etica della ricerca, con particolari interesse in neuroetica ed etica medica. L’Istituto di Tecnologie Biomediche (ITB) è caratterizzato da un approccio multidisciplinare alla ricerca in campo bio-medico. Le aree di interesse e le competenze dell’Istituto includono la genomica comparativa, l’oncologia molecolare, l’immunologia, le patologie genetiche, l’invecchiamento cerebrale e le patologie neurodegenerative, la neurofarmacologia. Le tecnologie presenti in questo Istituto includono la proteomica, la metabolomica, l'analisi genomica e trascrittomica e l’analisi bioinformatica di dati. Gli studi di base della regolazione genica della divisione cellulare e dello sviluppo delle cellule staminali includono l’analisi comparativa genomica dei meccanismi di splicing alternativo e degli elementi che regolano il ciclo cellulare e l’identificazione del ruolo di geni che regolano lo sviluppo nel differenziamento ematopoietico e delle cellule staminali mesenchimali. Nell’area di studio dell’infiammazione e delle patologie degenerative, i gruppi di ricerca dell’ITB sono attivamente coinvolti nello studio molecolare e funzionale della malattia di Alzheimer, nell’invecchiamento cerebrale e nella patologia del Parkinson, e nello studio dell’infiammazione cronica e delle patologie autoimmuni. I maggiori risultati includono la capacità dei complessi dei metalli con le proteine amiloidi di indurre l'espressione di marcatori associati all’Alzheimer; il ruolo duale, neuroprotettivo e infiammatorio, della neuromelanina in condizioni fisiologiche (invecchiamento cerebrale) vs. le condizioni patologiche (la neurodegenerazione del Parkinson); la creazione di modelli in vitro di risposta infiammatoria fisiologica per identificare le alterazioni associate con l’autoimmunità e i cambiamenti indotti dalle nanoparticelle metalliche. Studi specifici di patologie con una fondamentale applicazione delle tecnologie Omiche vengono condotti nei campi dell’oncologia (Unità di Oncologia Molecolare, Unità di Proteomica e di Metabolomica), nell’area che studia i batteri patogeni e la farmaco. Lo scopo di questi studi è quello di definire i meccanismi molecolari e genetici alla base di queste forme patologiche. I risultati di tutti questi studi funzionali e molecolari rappresenta un background fondamentale per identificare i marcatori e i target per le applicazioni diagnostiche e terapeutiche e per lo sviluppo di nuovi approcci farmacologici per nuove terapie e per la veicolazione dei farmaci. Il contributo ad alto livello non solo delle tecnologie omiche, ma anche delle analisi integrate bioinformatiche e di modelling molecolare permette di integrare i dati ottenuti e di ottimizzare il recupero di tutte le informazioni ottenute. Le prospettive future per l’ITB includeranno uno sforzo particolare per aumentare l’integrazione dei dati. Infatti, l’approccio multidisciplinare e la ampia distribuzione geografica dei gruppi di ricerca dell’ITB assicurano una collezione di esperti e una conoscenza scientifica in diversi campi particolarmente ampia, ma richiedono un forte coordinamento per ottimizzare l’integrazione. Questo aumenterà la competitività dell’ITB soprattutto quando i fondi internazionali per la ricerca vengono a diminuire, o la competizione è maggiore, e ‘l’eccellenza’ di un Istituto e le ‘frontiere della ricerca’ sono le parole chiave del successo. (literal)
Istituto esecutore di
Ha afferente
Codice
  • ITB (literal)
Nome
  • Institute of biomedical technologies (ITB) (literal)
  • Istituto di tecnologie biomediche (ITB) (literal)
Parte di
Afferisce a
Collaborazioni
  • Commessa di \"Proteomica e Metabolomica\" Principali collaborazioni nazionali Dip.Biochimica, Università di Padova Dip. Patologia Università di Verona Istituto G. Gaslini, Genova Ospedale S.Matteo - Pavia Dip. Scienze biomolecolari e Biotecnologie – Università di Milano Dip. di Biotecnologie e Bioscienze Università di Milano- Bicocca Principali collaborazioni internazionali Strahlenklinik, Essen (Germany) European JRC, Petten (NL) Weizmann Institute – Israel University of San Diego – USA University of Darmstadt - Germany INFORMATICA MEDICA Collaboratori esterni: Glauco Tocchini – Valentini CNR-IBC Roma, Italy Sandor Pongor ICGEB Trieste, Italy Francesco Salamini Dip. Produzione Vegetale – Università degli studi di Milano Milan, Italy Nickolay A. Kolchanov Institute Cytology and Genetics Novosibirsk, Russia Ing. Paolo Romano (TAB),Servizio Biotecnologie, Istituto Nazionale per la Ricerca sul Cancro (IST) Largo Rosanna Benzi 10 I-16132 Genova, Italy Giuliano Armano DIEE - Univ. of Cagliari Cagliari, Italy Martin J. Bishop HGMP Resource Centre, Hinxton, Cambridge CB10 1SB, UK Igor B.Rogozin National Center for Biotechnology Information National Library of Medicine NIH Bethesda, USA Dr. Les Grivell E-BioSci/ORIEL Projects Electronic Information Programme European Molecular Biology Organization (EMBO) Meyerhofstrasse 1, Postfach 1022.40 69012 Heidelberg, Germany Unità Sanità Elettronica - Convenzioni: Dr. Walter Bergamaschi Direttore Generale Sistemi Informativi Ministero della Salute, Roma Dipartimento per Innovazione Tecnologica Presidenza del Consiglio Roma dr. Stefano Pompili, Direttore Sanitario ASL RM A Roma Dipartimento Salute, sicurezza e solidarieta' sociale, servizi alla persona e alla comunita', Regione Basilicata Prof. Alessandro D'Atri CeRSI LUISS Guido Carli University, Roma UNITA’ DISTACCATA DI PISA: IMMUNOBIOLOGIA E DIFFERENZIAZIONE CELLULARE Gruppo Magli: Il gruppo della Dott.ssa Maria Cristina Magli collabora nell’ambito di progetti di ricerca con i seguenti Enti: - Prof. Daniel Tenen, Harvard Medical School, USA. - Prof. Sergio Ottolenghi, Universita' di Milano Bicocca. - Dr. Elisa Messina, Universita' \"La Sapienza\", Roma. - Dr. Antonio Simeone, CEINGE, Napoli. - Dr.Stefano Boriani, Ospedale Maggiore, Bologna. - Dr. Giovanni Barbanti, Isituti Ortopedici Rizzoli, Bologna. - Dr. Davide Donati, Istituti Ortopedici Rizzoli, Bologna. - Prof. Mario Petrini, Azienda Ospedaliera Pisana, Pisa. SEDE DI BARI Collaborazioni internazionali: - EMBnet (European Molecular Biology network: http://www.embnet.org) - network internazionale composto da 31 nodi nazionali e 7 nodi specialistici distribuiti in Europa, Asia, Australia, Africa, nord e sud America) - EMBL (The European Molecular Biology Laboratory) – Heidelberg – Germania - LION Biosciences - Heidelberg – Germania - ULB (Université Libre de Bruxelles) – Bruxelles – Belgio - EBI (European Bioinformatics Institute)– Hinxton – UK - Dr. Konstantinos Lefkimmiatis - Harvard Medical School Brigham and Women's Hospital and the VA Boston Healthcare System West Roxbury VAMC - RAMS – San Pietroburgo (Russia) - Istituto di Biotecnologie – Tel Aviv (Israele) - Università di St. Louis e New Orleans - USA Collaborazioni nazionali: - SPACI (Southern Partnership for Advanced Computational Infrastructures) - Lecce, - INFN (Istituto Nazionale di Fisica Nucleare) - Bari - Italia - CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) - Francia - SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) - Svizzera - SLU-LCB (Swedish University of Agricultural Sciences Linnaeus Centre for Bioinformatics) - Uppsala - Svezia - CASPUR (Consorzio interuniversitario per le applicazioni di supercalcolo per università e ricerca)- Roma - Italia - CINECA (Consorzio Interuniversitario per il Calcolo Automatico dell'Italia Nord Orientale) - Bologna - Italia - IBM Semea Sud, Java Technology Center, Bari - Dipartimento di Fisiologia e Biochimica Generali University of Milan via Celoria, 26 - 20133 Milano, Italy - Prof. Rita Casadio, CIRB Biocomputing Group, Università di Bologna - Prof. Giorgio Valle, Dipartimento di Biologia, Università degli Studi di Padova - Prof. Massimo Levrero, Laboratory of Gene Expression, Fondazione Andrea Cesalpino, Università di Roma La Sapienza, Roma, Italia. - Dr. Luisa Guerrini, Dip. Scienze Biomolecolari e Biotecnologie Università degli Studi di Milano - Ospedale \"Casa Sollievo della Sofferenza\" – IRCCS, San Giovanni Rotondo (FG) - Facoltà di Medicina e Chirurgia, Università di Foggia - Facoltà di Scienze Biotecnologiche, Università di Bari - IAM (Istituto Agronomico Mediterraneo) - Cribi – Università di Padova - CESI – Università di Chieti - Roma Tor Vergata (literal)
Attività di formazione
  • L'Istituto è particolarmente attivo nel settore della formazione. Esso ospita numerosi borsisti sia del CNR che di altre Istituzioni, che trovano un ambiente qualificato nel settore della genetica umana, dell'oncologia molecolare, della biologia cellulare e molecolare, della genomica e proteomica e della bioinformatica. ITB ospita in oltre dottorandi nell’ambito del Dottorato di Ricerca “Medicina Molecolare” dell’Università degli Studi di Milano e personale in formazione nell’ambito di progetti di formazione finanziati dal MIUR. Molti tra i borsisti che hanno ricevuto una formazione presso l'ITB sono ora negli USA per un’ulteriore specializzazione promossa in parte dall'Istituto stesso. Per quanto riguarda i ricercatori e i contrattisti, ITB promuove la loro partecipazione a congressi internazionali per la presentazione dei dati di ricerca ottenuti nei suoi laboratori. Gli scambi con Istituzioni estere sono frequenti e un ciclo di seminari viene regolarmente promosso presso la nostra sede. Mediterranean School of Epidemiology and Statistical Methods in Biomedical Research Programma di Formazione in Epidemiologia, Ricerca Clinica e Valutazione dei Servizi Sanitari La Sezione di Epidemiologia e Informatica medica dell’ITB organizza dal 1997 una scuola estiva di quattro settimane, una in italiano rivolta all’utenza nazionale, e tre in inglese rivolte ad una utenza internazionale. Il programma è rivolto a studenti, medici, ricercatori e professionisti del mondo della ricerca biomedica e della sanità pubblica e privata, che vogliano acquisire nozioni e capacità per operare efficacemente ed utilizzare metodi rigorosi nell'ambito della ricerca biomedica e delle problematiche emergenti nello scenario attuale della sanità. Le quattro settimane sono indipendenti, e ogni studente può frequentare una o più settimane. All’interno di ciascuna settimana, gli studenti possono frequentare due corsi. In totale, 24 corsi vengono offerti per ogni edizione. I corsi si articolano in corsi metodologici e corsi specialistici. I corsi metodologici hanno compreso o comprendono: Biostatistica I e II, Epidemiologia I e II, Metodi per i clinical trials, Epidemiologia Clinica, Analisi di regressione lineare, Analisi di dati categorici, Analisi della sopravvivenza, Disegno ed analisi di studi longitudinali, Disegno ed analisi di studi caso-controllo, Metodi avanzati in epidemiologia. I corsi specialistici hanno compreso o comprendono: Epidemiologia dei tumori, Epidemiologia cardiovascolare, Epidemiologia genetica, Epidemiologia delle malattie infettive, Epidemiologia ambientale, Epidemiologia delle malattie neurologiche, Farmacoepidemiologia, Epidemiologia nutrizionale, Studio degli esiti delle prestazioni sanitarie, Analisi delle decisioni cliniche, Costo-efficienza delle prestazioni sanitarie, Principi di economia sanitaria, Valutazione economica delle prestazioni sanitarie, Indicatori della qualità delle prestazioni sanitarie. I docenti provengono da prestigiose università e istituzioni di ricerca italiane e straniere, e sono tra gli esperti più qualificati a livello internazionale nel proprio settore. Gli studenti, provenienti dall’Italia e da tutte le regioni del mondo, sono circa 200 ogni anno. La Scuola è stata in parte finanziata dalla Commissione Europea e dal Ministero degli Affari Esteri. La descrizione dettagliata della Scuola è alla pagina web: www.itba.mi.cnr.it/epidemiology/medschool.html Nello specifico La Dott.ssa Maria Cristina Magli è stata: 1. International Expert nella Commissione di Dottorato per il Dr. Anders Kruger-Almerén presso il Karolinska Institute di Stoccolma, tenendo la lecture introduttiva “Somatic Adult Stem Cells”. 2. Relatore della tesi di laurea di Francesco Cerisoli “Analisi dell’ematopoiesi in linee di topi mutanti per l’omeogene Otx1”. 3. Tutor della Dott.ssa Francesca Bertolotti per lo svolgimento della tesi di Dottorato “Geni che regolano la differenziazione delle cellule staminali somatiche” nell’ambito del Corso di Dottorato “Biotecnologie Molecolari”. 4. Docente nel Practical Training Course-European Commission “Advanced Technologies in Stem Cell Growth and Development”. Gruppo Boraschi: 1. Training di un laureato (Marilena Lucarelli) in tecniche di coltura cellulare, manipolazioni in sterilità, mantenimento/controllo banca cellule, saggi ELISA, tecniche di estrazione RNA, retrotrascrizione, amplificazione e analisi semi-quantitativa trascritti, analisi e organizzazione dati, presentazione orali dei risultati scientifici in inglese a meetings internazionali. 2. Organizzazione Euroconference/Workshop “Novel Strategies of Mucosal Immunisation through Exploitation of Mechanisms of Innate Immunity in Pathogen-Host Interaction”, a Siena, 6-9 novembre 2002. Organizzazione del programma scientifico, web-site, libro abstracts, indirizzario, premi per young investigators, preparazione CD, logistica on-site, attività editoriale per pubblicazione proceedings. Nell’ambito delle attività del servizio di Bioinformatica sono stati organizzati corsi di formazione rivolti ai ricercatori interessati all’utilizzo degli strumenti di analisi bioinformatica. In particolare sono state svolte lezioni nell’ambito del congresso annuale della SIGA (Società Italiana Genetica Agraria) e AGI (Associazione Genetica Italiana) Sono state svolte Tesi di Laurea e Tesi di Dottorato. Nell'ambito del progetto di formazione \"R.E.FAR.PRE. : Ricercatori esperti nella valutazione farmacologica preclinica di nuovi composti, con particolare riferimento ai principi attivi per patologie correlate al sistema nervoso centrale\" (Rif. MUR DM 28141), la nostra sede ha svolto attività formative nell'ambito dei moduli inerenti competenze di base e affiancamento in attività di ricerca relativamente a : tecniche di biologia molecolare (analisi e studio del genoma, espressione genica, sequenziamento, clonaggio); tecniche di biologia cellulare (saggi in vitro per la valutazione dell'attività di differenti principi attivi nei confronti di specifici recettori); analisi di parametri biochimici, proteici, ormonali. Ilgruppo del Dr. Luciano Milanesi ha attivato a partire la scuola internazionale \"BioMed GRID summer school\" per l'insegnamento dell'utilizzo di tecnologie informatiche per lo sviluppo di applicazioni del GRID computing nel settore Biomedico e Bioinformatica. Attualmente sono state organizzate a Varenna presso la Villa Monastero l'edizione del 2007, 2008 ed è stata pianificata l'edizione 2008. Il gruppo del Dr. Luca Pani (sede di Cagliari), è impegnato nel del progetto di formazione correlato al progetto di ricerca \"SVIFASTA\" (Rif. MUR DM 23186), dal titolo: \"Formazione di ricercatori nei settori della biologia molecolare, biologia cellulare e chimica delle proteine\" Tale progetto di formazione è costituito da 3 obiettivi corrispondenti ad altrettante figure professionali (Ricercatore in biologia molecolare, Ricercatore in Biologia Cellulare, Ricercatore in Chimica delle Proteine) per un totale di 13 formandi afferenti alle società Bio-Ker Srl (7 formandi) e PharmaNess Scarl (6 formandi). I formandi sono stati selezionati attraverso un bando pubblico. Per ciascuna tipologia di figura professionale è stato attuato uno specifico percorso formativo, in quanto a contenuti tecnico scientifici e relative esperienze applicative, che, in generale, è stato articolato in periodi di durata variabile da dedicare alla formazione teorico pratica, in affiancamento a personale impegnato nello svolgimento di attività di ricerca. L’attività formativa si è concentrata principalmente sulle tematiche scientifiche strettamente connesse al progetto di ricerca SVIFASTA, riguardanti lo studio volto ad individuare e sviluppare una piattaforma tecnologica innovativa, comune a diverse aree terapeutiche, allo scopo di valutare la potenziale azione di composti ad uso terapeutico. Nell'ambito di tale progetto la sede ITB di Cagliari ha svolto, tramite i suoi ricercatori, attività formativa attraverso interventi sia teorici (lezioni), che di affiancamento ai formandi, relativamente ad attività di ricerca e sviluppo con applicazioni di metodiche di biologia molecolare e cellulare, oltre che di caratterizzazione e di formulazione di composti peptidici e di proteine. La Dr.ssa Sbisà ha ricoperto l'incarico di Insegnamento di Biologia Molecolare nella Scuola di Specializzazione in Anatomia Patologica della Facoltà di Medicina e Chirurgia, Università di Bari. E' stata corelatrice di una Tesi di Laurea Sperimentale in Biologia Molecolare per il Corso di Laurea Magistrale in Scienze Biologiche, Facoltà di Scienze, Università degli Studi di Bari Titolo “Trim 8 :un nuovo target trascrizionale e un modulatore dell’attivita’ dell’oncosoppressore p53” Flaviana Marzano A. A. 2007-2008 e di una tesi triennale dello stesso corso di laurea Titolo “Studio del ruolo di Trim8 nella regolazione dell’attivita’ di p53 in condizioni di stress mediante utilizzo di RT qPCR e western blotting“ Francesca Mastropasqua A. A. 2008-2009. Il Dr. Musio ha svolto le seguiti attività di docenza: - incarico di insegnamento nell'ambito del corso di Biotecnologie presso la Facoltà di Scienze MM.FF.NN. dell’Università degli studi di Pavia - incarico di insegnamento nell'ambito del corso di Biologia Molecolare presso la Facoltà di Scienze MM.FF.NN. dell’Università degli studi di Pavia Inoltre è responsabile della formazione della dr.ssa Linda Mannini e organizzatore del Convegno internazionale \"Cohesin and the Cohesinopathies\" tenutosi a Varenna presso Villa Monastero La Dr.ssa Tullo ha svolto le seguiti attività di docenza: - incarico di insegnamento di Laboratorio di Biologia Molecolare e Biotecnologie II, CdL in Biotecnologie sanitarie e farmaceutiche per l’anno accademico 2008-2009 - lezioni di Biologia molecolare e cellulare nell’ambito del Corso di formazione avanzata di ricercatori esperti di Bioinformatica per lo studio della Biodiversità Molecolare nell’ambito del Progetto Laboratorio di Bioinformatica per la Biodiversità Molecolare (Protocollo n. DM 19410) - correlatrice di due tesi di laurea e tutor di un dottorando di ricerca (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/localizzazione.owl#via
  • Via Fratelli Cervi, 93 (literal)
Cap
  • 20090 (literal)
Città
  • Segrate (literal)
Http://www.cnr.it/ontology/cnr/localizzazione.owl#provincia
  • MI (literal)
Telefono
  • 02 26422702 - 02 26422708 (literal)
Codice CDS
  • 100 (literal)
Servizi
  • SERVIZIO DI INFORMATICA l’ITB si è prefissato l’obiettivo di migliorare la sicurezza, l’efficienza e la qualità delle strutture e servizi informatici presso l’Istituto e l’Area 4 del CNR di Milano. A questo fine, è stata fatta un analisi approfondita della struttura di rete dati, al fine di allinearci con gli standard internazionali. La back bone della rete dati dell'Area 4 è stato migliorato grazie all’installazione di concentratori Switch a 1 Gbit. Il flusso dati da e verso la rete GARR-B è passato da 2Mbit a 10Mbit aderendo ad un accordo CNR delle Aree di Ricerca di Milano con Fastweb. A causa dell’incremento di attività via rete dati e di tentativi d’intrusione, è stata condotta una analisi approfondita riguardo il problema di network security. Abbiamo quindi installato un firewall e siamo passati ad una situazione dove tutti gli host presenti nella la rete CNR dell'Area 4 sono filtrati e mascherati da Internet. Con l’avvento dei nuovi Istituti nazionali abbiamo attivato il dominio dell'Istituto: itb.cnr.it, creato il nuovo DNS (Domain Name System) e riconfigurato tutti i dipendenti con E-mail basate sul domino. Il sito web dell’ITB e residente su un server presso l'istituto ed è conforme alla legge Stanca n.4/2004 sull'accessibilità è genera pagine XHTML 1.0 STRICT impaginate con il solo uso di css. Un server antivirus centralizzato aggiorna tutti i Pc client presenti nella LAN. Questo server è inoltre adibito all’archiviazione e gestione del programma di rilevamento presenze del personale dell’ITB e del controllo e configurazione del firewall. In fine, la telefonia presso l'Area 4 è gestito da una centrale telefonica SIEMENS HICOM Office digitale/analogico. SEDE DI BARI Servizio di Bioinformatica Il servizio di Bioinformatica viene svolto nell’ambito delle attività e servizi che la sede di Bari dell'Istituto eroga come nodo nazionale EMBnet (European Molecular Biology Network). La finalità primaria di questo network è quella di operare in maniera collaborativa nel promuovere la ricerca e la formazione nel campo della Bioinformatica a supporto della ricerca biologica. Per fare questo EMBnet mette a disposizione della comunità scientifica nazionale e internazionale una serie di servizi quali: più di 150 professionisti, risorse hardware e software includendo diverse reti e progetti di GRID computing (EGEE, DEISA, BIOINFOGRID, EELA, EMBRACE and HealthGRID) e terabytes di capacità di storage. Fornisce l'accesso a più di 120 banche dati biologiche e bibliografiche e un servizio di formazione e training in Bioinformatica attraverso un panel di esperti disponibili per corsi specializzati in situ e per collaborare in iniziative di formazione, fornendo l'accesso remoto a corsi virtuali e materiale didattico. A questo porposito EMBnet ha recentemente sviluppato e messo a disposizione anche un portale di e-Learning (http://edu.embnet.org) e inoltre pubblica un newsletters journal, L'EMBnet.news, disponibile presso il sito EMBnet (http://www.embnet.org/EMBnet.news), che raccoglie i risultati delle attività e delle ricerche dei vari nodi. Per maggiori informazioni circa l'organizzazione, le finalità e le attività di EMBnet si consiglia di consultare il sito web: www.embnet.org.In particolare i servizi di Bioinformatica messi a disposizione dal nodo nazionale EMBnet per la comunità scientifica nazionale pubblica e privata sono: - Sistemi di interrogazione e retrieval di banche dati di biosequenze e genomiche. - Programmi e pacchetti per l’analisi funzionale delle biosequenze (ricerca di similarità, allineamento, individuazione di pattern funzionali, analisi linguistica, evoluzione molecolare, costruzione di alberi filogenetici, predizione di strutture secondarie e terziarie, etc). (literal)
Email
  • mailto:direzione@itb.cnr.it (literal)
  • direzione@itb.cnr.it (literal)
Indirizzo
  • Via Fratelli Cervi, 93 - 20090 Segrate (MI) (literal)
Direttore
Missione
  • La ricerca dell’Istituto di Tecnologie Biomediche spicca nel panorama nazionale per una caratteristica unica, essendo focalizzata sullo sviluppo delle metodologie omiche (genomica, proteomica e bioinformatica) e sulla loro applicazione allo studio di malattie umane a base genetica, epigenomica e indotte dall’ambiente. L'attività di proteomica consiste nell'applicare metodi di spettrometria di massa allo studio dei sistemi proteici complessi in cellule, tessuti e liquidi biologici. La genomica applica procedure di sequenzialmente massivo allo studio del DNA e RNA nelle malattie dell’uomo e nei microrganismi patogeni. La Bioinformatica si occupa dello sviluppo di algoritmi per l’analisi genomica e trascrittomica e di tecnologie di calcolo avanzato per la progettazione di nuovi farmaci e per la System Biology, volta alla creazione di nuovi modelli dedicati allo studio del ciclo cellulare. L 'altra attività importante dell'Istituto riguarda lo studio dei meccanismi patogenici e delle strategie terapeutiche di malattie. Nell’oncologia per comprendere i meccanismi di conversione delle cellule staminali umane normali in tumorali si studiano i geni e i pathways che controllano l’autorinnovamento delle cellule staminali utilizzando cellule staminali normali e tumorali, cellule pluripotenti indotte e cellule staminali mesenchimali e il loro impiego in medicina rigenerativa. Nelle malattie neurodegenerative si studiano i meccanismi patogenici e l’epidemiologia di Alzheimer, Parkinson e Sclerosi Multipla; inoltre si indagano con attenzione ai meccanismi di invecchiamento cerebrale che sono alla base di queste malattie. L’Istituto conduce anche studi di bioetica ed etica della ricerca, con particolari interesse in neuroetica ed etica medica. (literal)
Attività di ricerca
  • Sede di Segrate: Il laboratorio di Genomica impiega tecnologie di ultima generazione per l’analisi di acidi nucleici in molteplici ambiti applicativi sviluppando le metodologie sperimentali e gli approcci bioinformatici necessari alle diverse problematiche progettuali. L’analisi di genomi batterici in ambito biotecnologico e medico e di porzioni selezionate del genoma umano in contesti quali lo studio di malattie di origine genetica e in pazienti affetti da tumore costituiscono due dei settori di impegno prioritario del gruppo, a cui si aggiungono le analisi di tipo epigenomico in ambito umano e di diversità microbica e del microbioma nell’intestino di pazienti usate come indicatori dello stato di salute. Un ambito particolare di applicazione delle tecnologie genomiche è quello dell’analisi di reperti antichi allo scopo di tracciarne la collocazione sotto il profilo evoluzionistico. Grazie a queste linee tematiche il gruppo ha ottenuto importanti risultati e riconoscimenti sia in campo nazionale che internazionale. Le competenze in ambito molecolare e bioinformatico specifiche per i contesti applicativi citati (sequenziamento genomico, sequenziamento trascrittomico, sequenziamento di immunoprecipitati della cromatina ecc.) costituiscono la base grazie alla quale sono stati costruiti solidi rapporti collaborativi con numerose realtà sia accademiche che imprenditoriali. Esempi di queste collaborazioni sono gli studi su patologie a base genetica (sclerosi multipla, sclerosi laterale amiotrofica, sindrome di brugada, iperinsulinismo congenito), tumorale (melanoma, leucemia linfoblastica acuta ALL e primaria delle cellule del plasma pPCL, mielodisplasie, carcinoma renale) e del microbioma intestinale in stati di malattia (sindrome di Down, sindrome di Behcet, graft-versus-host disease GVHD) come pure studi sui meccanismi patogenetici in infezioni di B. pseudomallei e sui meccanismi regolativi del metabolismo secondario in attinomiceti antibiotico-produttori. L’unità di Proteomica ha sviluppato innovative metodologie per lo studio sia del proteoma che del metaboloma. In particolare, questa Unità ha messo a punto una originale pipeline basata sulla metodologia MudPIT e tool computazionali, compresi quelli per la quantificazione label-free, la clusterizzazione e l’analisi dei network, effettuando lo studio di un’ampia varietà di campioni reali, comprendenti linee cellulari, fluidi biologici e tessuti, freschi, congelati e paraffinati. Le competenze sviluppate sono state usate per effettuare importanti studi riguardanti la ricerca di marcatori di malattia e/o effetto delle terapie, in ambito cardiovascolare, oncologico, neurodegenerazione, malattie metaboliche e respiratorie, in collaborazione con gruppi sia nazionali che internazionali. Le attività dell’unità di Proteomica hanno permesso di ottenere importanti risultati nell’ambito della caratterizzazione dei profili molecolari. Innanzitutto questa Unità ha dimostrato che l’approccio MudPIT è un ottimo punto di partenza metodologico per le applicazioni proteomiche in ambito clinico. Inoltre, la caratterizzazione dei profili proteici degli exosomi da urine e linee cellulari ha evidenziato l’importanza del loro contenuto. Applicazioni cliniche dell’approccio MudPIT hanno evidenziato i pathway metabolici coinvolti in malattie cardiovascolari e neurodegenerative, compresa l’efficacia di terapie a base di farmaci e/o stem cell per l’infarto. E’ stato possibile sviluppare metodi sia per la diagnosi dell’amiloidosi sistemica sia per la predizione della risposta al trattamento anti-IgE nell’asma severa. Altri risultati importanti hanno riguardato i profili proteici di specifici tumori, delle membrane batteriche e la correlazione tra morfologia/attività degli oociti e pattern proteico. L'Unità di Bioinformatica e di Bioinformatica Translazionale è coinvolta nella genotipizzazione high throughput di pazienti/controlli e per la validazione di predizioni bioinformatiche. I’Unità è particolarmente attiva nello studio dell'interazione gene-ambiente nei disordini del neurosviluppo e nella messa a punto di nuovi protocolli per la diagnosi di metastasi linfonodali. L'unità si propone di sviluppare una piattaforma integrata di calcolo per la gestione e l’esecuzione di protocolli nell’ambito bioinformatico con particolare riferimento al drug design e l'annotazione di sequenze biologiche. L'Unità di Bioinformatica e di Bioinformatica Translazionale ha recentemente correlato alcuni SNPs allo spettro autistico, ha validato una lista di microRNA predetti con tool bioinformaticie ha trovato dei marcatori genetici associati ad una cardiomiopatia in campo veterinario. Meccanismi molecolari delle varianti della proteina p17 dell'HIV-1 nel promuovere tumore e neurodegenerazione. Sviluppo e applicazione di tecniche di modellazione negli studi di interazioni proteina-ligando per la progettazione razionale di farmaci per la terapia per terapia Fibrosi Cistica, le Fosfodiesterasi (PDE), le proteine virali e la proteina C coinvolta nella regolazione della coagulazione del sangue. Il laboratorio di Neurochimica (Invecchiamento e Malattie Neurodegenerative) si occupa dello studio dei meccanismi dell'invecchiamento cerebrale. In particolar modo sta studiando mediante diversi approcci metodologici dei particolari organelli contenenti neuromelanina, lipidi e proteine che si formano all'interno dei neuroni durante il normale invecchiamento. Questi organelli si accumulano principalmente nei neuroni dopaminergici della sostanza nera e noradrenergici del locus coeruleus, aree cerebrali che degenerano selettivamente nella malattia di Parkinson. L'attività degli ultimi anni del laboratorio di Neurochimica (Invecchiamento e Malattie Neurodegenerative) ha portato ad una completa caratterizzazione molecolare degli organelli di neuromelanina della sostanza nera umana, identificandoli come un lisosoma atipico di origine autofagica e con ridotta attività enzimatica. Nell'ambito di questa dettagliata caratterizzazione molecolare, abbiamo recentemente confermato la presenza di un’importante proteina coinvolta nella presentazione dei peptidi antigenici e cioè l'MHC-I. Questa scoperta spiega la vulnerabilità selettiva dei neuroni dopaminergici della sostanza nera e noradrenergici del locus coeruleus, e chiarisce i meccanismi di morte neuronale immuno-mediata e di infiammazione cronica che intervengono tipicamente durante la malattia di Parkinson. Il laboratorio di Epidemiologia Clinica delle Malattie Neurodegenerative è impegnato nello studio della relazione che intercorre tra malattie neurodegenerative, malattia di Alzheimer e di Parkinson, e occorrenza di tumore allo scopo di meglio comprendere i meccanismi legati alla senescenza e all'invecchiamento mettendoli in relazione con la crescita neoplastica e i processi neurodegenerativi. Il laboratorio inoltre si occupa di approfondire l’associazione tra le abitudini alimentari e altri stili di vita in età adulta e lo sviluppo di malattie neurodegenerative in età avanzata. Il gruppo di ricerca ha infine preso parte a progetti che, attraverso le tecnologie ICT (Information and Communication Technology), promuovono e incentivano corretti stili di vita legati alla qualità di vita sia nella popolazione anziana che in quella degli adolescenti. Nell’ambito dello studio della relazione inversa di occorrenza tra tumori e malattie neurodegenerative, i risultati confermano che i soggetti con cancro hanno una ridotta incidenza di malattia di Alzheimer e di Parkinson e viceversa e suggeriscono che questa inversa relazione non è spiegata da una diversa distribuzione dei fattori di rischio modificabili. L’unità Cellule Staminali e Cellule Staminali Tumorali è impegnata nello studio dei processi associati alla riprogrammazione cellulare per una migliore comprensione dei meccanismi di conversione delle cellule staminali normali in cellule staminali tumorali. La ricerca è focalizzata sulla identificazione di segnali epigenetici e di fattori di rimodellamento della cromatina che determinano identità di cellule differenziate e di cellule staminali e la funzione di cellule tessuto specifiche, e di fattori che rimodellano la cromatina che prevengono l'instabilità genomica, la tumorigenesi e la progressione del cancro. La regolazione della stabilità degli mRNA, la regolazione dello splicing e della traduzione e come i segnali epigenomici influenzano la chemio-resistenza in cellule tumorali sono anche attivamente indagati, utilizzando cellule staminali umane e cellule staminali tumorali, cellule pluripotenti indotte (iPS) e modelli di tessuti umani ricostituiti in tridimensione (3D). Utilizzando un modello di Cellule Staminali Tumorali abbiamo identificato 11 geni, esclusivamente espressi nelle cellule staminali tumorali che potrebbero definire la Cancer Stem Cell Signature. Abbiamo identificato nuovi micro-RNA ei nuovi trascritti che hanno un ruolo nella invasione tumorale, nella transizione epitelio mesenchimale (EMT) nella regolazione del self-renewing delle cellule staminali tumorali e nella riprogrammazione di cellule pluripotenti indotte umane (iPSCs). Sede di Bari: Le attività di ricerca in Genomica Funzionale sono orientate allo studio di biomarcatori. Una linea di ricerca si occupa dello studio funzionale dei membri della famiglia genica dell’oncosoppressore p53 come soppressore tumorale nel controllo del ciclo cellulare e caratterizzazione dello status molecolare in malattie proliferative. Recentemente è stato identificato un nuovo modulatore positivo della stabilità e attività di p53 chiamato TRIM8 il quale risulta “down-regulated” in patologie proliferative resistenti alla chemio terapia. Un’altra linea di ricerca studia si occupa di studiare il ruolo regolativo di “small noncoding RNAs” in particolare miRNAs in patologie proliferative tiroidee ed ovariche sotto il controllo ormonale. Queste linee di ricerca hanno prodotto un Brevetto (RM2010A000293- PCT/IB2011/052369). Il lavoro pubblicato su TRIM8 è risultato come il più letto ed ha ricevuto un forte rilievo sui media di comunicazione nazionale. La linea di ricerca in Bioinformatica è focalizzata nello sviluppo di strumenti informatici innovative per la gestione e analisi funzionale dei dati prodotti dai sistemi tecnologici di sequenziamento massivo (NGS). In particolare la linea di ricerca è orientata allo sviluppo di un “framework” per studiare il ruolo funzionale degli small noncoding RNAs, come i miRNAs, responsabili del controllo dell’espressione genica in molti processi biologici . Un’altra linea di ricerca si occupa dello sviluppo di strumenti bioinformatici nel settore della Biodiversità Informatica nell’ambito del progetto LifeWatch. Queste line di ricerca hanno ricevuto finanziamenti nell’ambito dei progetti PON 2011-2014. La linea di ricerca in Malattie Neurodegenerative è orientata allo studio del ruolo funzionale dei microRNAs e i loro rispettivi geni target nei disordini Neurodegenerativi in particolare la Sclerosi Multipla (MS) e la Sclerosi Laterale Amiotrofica (ALS), utilizzando approcci integrati della Clinica, Neuroradiologia e dall’utilizzo dei dati prodotti con le tecnologie di sequenziamento massivo (NGS). Questa linea di ricerca è stata ultimamente finanziata dalla Fondazione Italiana Sclerosi Multipla (FISM) per lo studio della Sclerosi Multipla in età pediatrica al fine di individuare biomarcatori predittivi della progressione della malattia. Sede di Pisa: L’unità di Pisa si occupa dello studio di meccanismi molecolari che regolano le cellule staminali adulte e che, se alterati, contribuiscono allo sviluppo e/o alla progressione tumorale. Una linea di ricerca è focalizzata sulla caratterizzazione delle cellule staminali mesenchimali (MSCs) e particolarmente sul ruolo che svolgono nella loro regolazione i fattori di trascrizione codificati da omeogeni delle famiglie HOX, TALE e OTX. Un’altra linea di ricerca è diretta all’identificazione e caratterizzazione di pathways molecolari coinvolti nei tumori polmonari e in alcuni tipi di leucemie al fine di sviluppare strategie farmacologiche mirate. Questa attività ha portato recentemente ai seguenti risultati: i. MSCs derivate da siti corporei diversi hanno capacità proliferative e differenziative distinte e signatures molecolari specifiche. Pertanto non costituiscono cellule equivalenti per un’applicazione clinica in medicina rigenerativa; ii. Una grossa percentuale di adenocarcinomi polmonari umani è caratterizzata da una bassa espressione del tumor suppressor C/EBP± e un’alta attività del proto-oncogene Bmi-1. La stessa correlazione inversa di C/EBP± e Bmi-1 è stata riscontrata nel modello murino di adenocarcinoma che abbiamo generato; iii. Alle linee tumorali murine derivate abbiamo applicato un trattamento farmacologico utilizzando una nuova molecola in grado di inibire la traduzione di Bmi-1, riscontrando effetti significativi dell’inattivazione di Bmi-1 sul fenotipo tumorale. Sulla base di questi dati il farmaco è ora in clinical trial in USA. Sede di Roma: L'unità di ricerca della UOS RM svolge ricerche negli ambiti della bioetica e della biopolitica, con particolare riguardo al biodiritto e ai diritti umani, nonché all'etica della ricerca che ricomprende il settore emergente della Research Integrity. Quest'ultima è diretta ad analizzare i principi, le norme e i valori che regolano la conduzione della ricerca scientifica, a livello nazionale e internazionale. Specifiche linee di ricerca sono dedicate all'etica medica (in particolare alle malattie rare, neglette e della povertà) e alla neuroetica. Una linea di ricerca indaga il processo di decision making, il ruolo dei gruppi di rappresentanti degli interessi e gli strumenti di partecipazione alla formulazione delle decisioni collettive sulle grandi tematiche di interesse dell'Istituto. La metodologia di ricerca si basa su un approccio multidisciplinare che integra le competenze di scienze sociali con quelle biomediche e in generale delle scienze naturali. L'Unità di ricerca svolge il ruolo di supporto tecnico scientifico alla Commissione per l'Etica della Ricerca e la Bioetica del CNR. L'Unità di ricerca di Roma è attiva dal settembre 2013. I principali risultati hanno riguardato: il supporto scientifico alla Commissione per l'Etica della Ricerca e la Bioetica del CNR, compresa l'elaborazione di numerosi pareri e delle prime linee guida italiane in materia di Research Integrity (in pubblicazione a giugno 2016); la conduzione di progetti di ricerca in materia di \"Malattie rare, neglette e della povertà\" (finanziato dal consorzio CNCCS) e di \"Neuroetica e amministrazione della giustizia\" in qualità di coordinatore (finanziato dal MIUR); le numerose pubblicazioni in diversi settori di interesse. Innumerevoli sono le collaborazioni scientifiche anche internazionali. Due convenzioni con acquisizione di fondi sono state sottoscritte con Sapienza Università di Roma e con la Fondazione Umberto Veronesi. Diversi ricercatori dell'Unità svolgono ruolo di docenza a contratto presso università italiane. Il responsabile dell'Unità, Cinzia Caporale, è componente di prestigiosi Comitati di etica italiani e rappresenta il CNR e/o l'Italia in organismi internazionali. (literal)
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