Descrizione del modulo "Genomica e proteomica funzionale (INT.P02.011.002)"

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  • Descrizione del modulo "Genomica e proteomica funzionale (INT.P02.011.002)" (literal)
Tematiche di ricerca
  • Tematiche di ricerca: 1) analisi del complesso multiproteico finalizzato alla degradazione delle proteine (misfolded/unproperly folded) via reticolo endoplasmatico (processo ERAD/UPR); 2)alterazione del pathway ERAD/UPR nei mielomi multipli, tumori mammari e paragangliomi; 3)analisi del pathway nelle cellule staminali neuronali durante il differenziamento in neuroni, oligodentrociti e astrociti; 4) Utilizzo della tecnologia \"Cell lines microarray\" (CLM) per Immunofenotipizzazione, mediante Paraffin-Embedded Cell Line Microarrays (CLMA), cellule staminali derivate dal glioblastoma multiforme e coltivate in vitro per verificare l'espressione e la distribuzione sub-cellulare dei marcatori. 5) Identificazione delle isoforme/varianti proteiche della proteina codificata dal gene SEL1L nei fluidi biologici (siero, plasma, sangue) di pazienti affetti da tumori. 6)Analisi della funzione della proteina SEL1L nello sviluppo del sistema nervoso centrale mediante l'uso dei topi knock-out del gene SEL1L (literal)
Competenze
  • Competenze in Biologia cellulare (trattamenti vari sulle cellule) e molecolare (proteine ricombinanti e analisi di anticorpi) Competenze generali di Biochimica ed enzimologia Analisi di immunoistochimica e immunofluorescenza Tissue e Cell line microarray Uso di Scafolds (literal)
Obiettivi
  • 1) Definire il ruolo dei geni (SEL1L/HRD1) e proteine nelle cellule pre e neoplastiche tramite le tecniche di biologia, biochimica molecolare e cellulare. 2) Analisi delle varianti/isoforme della proteina codificata dal gene SEL1L nei fluidi biologici (plasma, siero, sangue) 3) Definire il ruolo di SEL1L nei tumori mammari mammari,glioblastomi e mielomi multipli 4) Esplorare il ruolo del pathway ubiquitina-proteosoma nelle cellule staminali neuronali 5)Ruolo della proteina SEL1L nello sviluppo embrionale murino mdiante colonie di topi knock-out per il gene (literal)
Stato dell'arte
  • Le cellule tumorali rispondono allo stress ER innescando una risposta adattativa chiamata UPR, un pathway che aumenta la sopravvivenza cellulare. UPR ripristina l'omeostasi cellulare attenuando il la sintesi proteica e attivando pathways che regolano il corretto folding e l'attività ERAD. ERAD elimina proteine aberranti dal ER attraverso degradazione via proteasoma. Lo stress prolungato causa l'apoptosi. UPR coinvolge l'attivazione di tre proteine: PERK, ATF6 e IRE-1. La loro attivazione è innescata dalla dissociazione del chaperone BiP/GRP78 di conseguenza PERK inibisce la sintesi proteica tramite la fosforilazione di eIF2alfa che a sua volta stimola la sintesi di ATF4. IRE-1 attivato svolge attività endoribonucleasica contro il pre-mRNA di XBP-1. La variante di splicing di XBP-1 e l'attivazione di ATF6 innescano la trascrizione di chaperonine e componenti ERAD tra cui SEL1L associata alla E3 ligasi HRD1 degrada numerosi substrati. SEL1L interagisce con componenti del processo di dislocazione e con le erlectine implicate nel riconoscimento dei substrati. Lo stress ER e la risposta UPR influenzano molteplici pathways correlati al cancro, rimane poco esplorato nelle cellule staminal (literal)
Tecniche di indagine
  • Le tecniche richieste in questo modulo sono quelle utilizzate normalmente nel laboratorio di base per la manipolazione genica: clonaggio in vettori di espressione, gain-loss of function mediante trasfezioni in cellule di mammifero con vettori sviluppati nel laboratorio oppure con short interference RNA, identificazione e utilizzo di micrRNA specifici. Marcatura metabolica e immunoprecipitazione con anticorpi di interesse. Immunoistochimica ed immunofluorescenza. Analisi di biochimica in generale, saggi ELISA. (literal)
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